AMBERの実行支援プログラムの開発 Development of Support Program for AMBER

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著者

    • 宇野 健 UNO Takeshi
    • 広島県立大学経営学部経営情報学科 Departmnet of Management and Information Sciences, Hiroshima Prefectual University
    • 林 治尚 HAYASHI Haruhisa
    • 姫路工業大学工学部応用化学科 Departmnet of Applied Chemistry, Faculty of Engineering, Himeji Institute of Technology
    • 中野 英彦 NAKANO Hidehiko
    • 姫路工業大学工学部応用化学科 Departmnet of Applied Chemistry, Faculty of Engineering, Himeji Institute of Technology

抄録

タンパク質立体構造表示プログラムであるModrast-Pをベースにし,分子設計に広く用いられている生体高分子向け分子動力学計算パッケージ,AMBERの実行支援プログラムを作成した.本プログラムには,AMBERの入力ファイル作成支援,計算する分子の初期構造作成,そして分子動力学シミュレーション結果のデータ処理機能として,アニメーションなどの機能がある.本プログラムは,ワークステーション上で作動し,OPENLOOK等のXツールキットを一切使用していないため,殆どのワークステーションまたはFreeBSD等のPC-UINXがインストールされているパーソナルコンピュータで利用する事が可能となっている.そして本プログラムを用い,糖部2'位を化学修飾したDNAの構造についての分子動力学シミュレーションを実行した.

A support program for AMBER was developed on the basis of the biomolecular graphics program "Modrast-P". This program has three features, which are : 1) Setting up of input files for AMBER. It is easy and efficient to make input files for AMBER modules (Figure 1) by using interactive and graphical operations. 2) Molecular modeling for building the initial structure of the molecule for molecular dynamics calculation by use of the extended function of Modrast-P. 3) Animations of atomic trajectory files from molecular dynamics simulations, calculations of atom-to-atom distances and the extraction of potential energies from output files in order to draw graphs for getting quantitative information, are possible.As an example use of this program, the structure of DNA containing anthraquinone groups was simulated (Figures 2,3).This program runs on any UNIX workstations and personal computers where PC-UNIX, such as Linux, are installed.

収録刊行物

  • The Journal of chemical software

    The Journal of chemical software 5(1), 39-48, 1999-03-15

    SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN

参考文献:  8件中 1-8件 を表示

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10003740507
  • NII書誌ID(NCID)
    AN10470405
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    09180761
  • NDL 記事登録ID
    4799252
  • NDL 雑誌分類
    ZP1(科学技術--化学・化学工業) // ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL 請求記号
    Z17-1611
  • データ提供元
    CJP書誌  NDL  J-STAGE 
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