生体分子の分子動力学シミュレーション(1)方法 Molecular Dynamics Simulation of Biological Molecules(1)Methods

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抄録

分子動力学シミュレーションは、タンパク質やDNAなどの生体高分子の構造・物性・機能相関の研究に有用であることが認められている。本総説では、筆者らが開発したソフトウェアPEACH(Program for Energetic Analysis of bioChemical molecules)に導入した機能を中心に、生体高分子の分子動力学シミュレーションの方法を概観する。

Molecular dynamics simulation has been extensively applied to analyses of structure, dynamics, and function of biological molecules. Various methods implemented in a newly developed software, PEACH (Program for Energetic Analysis of bioCHemical molecules), are described. This review covers: (1) an outline of classical molecular dynamics, (2) generation of the initial structure and temperature, (3) computation of force and potential, (4) time integration, (5) ensemble, and (6) analyses of the generated trajectories.

収録刊行物

  • The Journal of chemical software  

    The Journal of chemical software 6(1), 1-36, 2000-03-15 

    SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN

参考文献:  45件

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被引用文献:  1件

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10004708969
  • NII書誌ID(NCID)
    AN10470405
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    REV
  • ISSN
    09180761
  • NDL 記事登録ID
    5303072
  • NDL 雑誌分類
    ZP1(科学技術--化学・化学工業) // ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL 請求記号
    Z17-1611
  • データ提供元
    CJP書誌  CJP引用  NDL  J-STAGE 
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