一次元ポリマーのエネルギーバンド計算における並列処理(2) Parallel Processing on Ab Initio Crystal Orbital Calculations of One-Dimensional Polymers, Part 2

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抄録

TCGMSGおよびMPIメッセージパッセンジャーを用いた、一次元ポリマーのエネルギーバンド計算の並列処理について述べる。計算機として、IBM RS6000 4台によるワークステーションクラスターならびにPentium IIを使用したパーソナルコンピューター2台からなるPCクラスターを使用した。以前の報告で使用した二電子積分の並列化では、16並列とした場合に負荷分散がうまくいっていなかったが、新しいアルゴリズムにより改善できることを示した。CeleronをCPUとして使用したPCクラスターでの計算も試みたが、Pentium IIよりは並列度が上がらない結果が得られた。MPIを用いた場合にはTCGMSGに比べて、メモリー転送のオーバーヘッドが生じるため、やや計算時間が増加する。また実際の計算に要する実時間はネットワークの構造にかなり依存することが判明した。

We have performed parallel processing on the ab initio crystal orbital calculations of one-dimensional polymers using the TCGMSG and MPI/LAM message passenger. An IBM RS6000 cluster (4 CPU), and personal computer cluster with Intel Pentium II 450MHz (2CPU) and Celeron 433MHz (2CPU) were used for the computational environment. We found that the Celeron CPU was less effective than Pentium II in the parallel calculations. Our previous work showed that the distribution of the CPU demand did not work well when 16 nodes were used to calculate the two-electron integrals in parallel. We found that the new algorithm incorporated in the present article improved the distribution. The CPU time increased when using the MPI interface, because there is an overhead to transfer the array in MPI_ALLREDUCE function. We also determined that the real through-put time was strongly dependent on the structure of the network system.

収録刊行物

  • The Journal of chemical software  

    The Journal of chemical software 6(2), 75-84, 2000-06-15 

    SOCIETY OF COMPUTER CHEMISTRY, JAPAN

参考文献:  14件

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10004709061
  • NII書誌ID(NCID)
    AN10470405
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    09180761
  • NDL 記事登録ID
    5390005
  • NDL 雑誌分類
    ZP1(科学技術--化学・化学工業) // ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL 請求記号
    Z17-1611
  • データ提供元
    CJP書誌  NDL  J-STAGE 
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