分子設計のための統合システムToMoCoの開発 Development of the Total System ToMoCo for Molecular Design

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抄録

分子設計や薬物設計においては、コンピュータを用いた効率的な解析が求められており、そのためのコンピュータシステムが数多く研究、開発されている。我々の研究室においても、ケモインフォマティックス、ケモメトリックスに関連する多くの研究を行っており、それらの解析を行うプログラムについても開発を進めている。ToMoCo (The total system for molecular designs by the computer chemistry laboratory) はこれらのコンピュータプログラムをひとつにまとめた分子設計のための統合システムであり、現在までにCoMFA法を中心とした定量的構造活性相関解析(QSAR)に関する手法が実装されている。本論文ではToMoCoに実装されている手法のうち、分子構造重ね合わせ機能、新規薬物候補構造自動創出機能、CoMFA領域選択機能について説明し、これらの手法を用いてCOX-2阻害剤の解析を行った結果を示す。COX-2阻害剤54サンプルに対して、構造重ね合わせを行うことにより活性配座を推定しCoMFA法による3D-QSAR解析を行った結果、<I>R</I><SUP>2</SUP>=0.922、<I>Q</I><SUP>2</SUP>=0.653のCoMFAモデルが得られた。そして、そのモデルを評価基準として用いて新規薬物候補構造の自動創出を行い、予測活性値7.11から7.87までの200個の構造を得た。またCoMFA領域選択を行った結果、変数の数が6分の1以下に削減され、<I>R</I><SUP>2</SUP>=0.938、<I>Q</I><SUP>2</SUP>=0.751というシンプルで予測的なQSARモデルが構築された。

In the field of molecular design or drug design, efficient methodologies with computer systems have been desired and various computer programs have been investigated. In our laboratory, we are researching chemoinformatics and chemometrics, and have been developing computer programs for these analyses. The ToMoCo (Total System for Molecular Designs by the Computer Chemistry Laboratory) is a total system for molecular design developed in our laboratory by integrating these in-house programs. The ToMoCo has functions that are related to quantitative structure-activity relationships such as CoMFA (comparative molecular field analysis), molecular structure alignment method using Hopfield neural network, region selection method by GARGS (genetic algorithm-based region selection), and automatic structure generation method by LigConstructor. In this paper, we describe these functions and the result of QSAR analysis of Cyclooxygenase-2 (COX-2) inhibitors using the ToMoCo.

収録刊行物

  • Journal of computer chemistry, Japan  

    Journal of computer chemistry, Japan 5(2), 119-128, 2006-06-15 

    Society of Computer Chemistry, Japan

参考文献:  19件

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10018004306
  • NII書誌ID(NCID)
    AA11657986
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    13471767
  • NDL 記事登録ID
    8051676
  • NDL 雑誌分類
    ZP1(科学技術--化学・化学工業) // ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL 請求記号
    Z74-C857
  • データ提供元
    CJP書誌  NDL  J-STAGE 
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