rpoB遺伝子と16S rRNA解析による抗酸菌同定の試み IDENTIFICATION OF MYCOBACTERIA BY SEQUENCING OF rpoB GENE AND 16S rRNA

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著者

    • 鹿住 祐子 KAZUMI Yuko
    • 結核予防会結核研究所抗酸菌レファレンスセンター Mycobacterium Reference Center, Research Institute of Tuberculosis, Japan Anti-Tuberculosis Association (JATA)
    • 前田 伸司 MAEDA Shinji
    • 結核予防会結核研究所抗酸菌レファレンスセンター Mycobacterium Reference Center, Research Institute of Tuberculosis, Japan Anti-Tuberculosis Association (JATA)
    • 菅原 勇 SUGAWARA Isamu
    • 結核予防会結核研究所抗酸菌レファレンスセンター Mycobacterium Reference Center, Research Institute of Tuberculosis, Japan Anti-Tuberculosis Association (JATA)

抄録

〔目的〕抗酸菌の同定にrpoB遺伝子シークエンスを利用できるか評価を行うために16SrRNAシークエンス(RIDOM)と比較し,さらにこの2つの方法を使い分けてDDH法にて菌種不明であった38臨床分離株を同定した。〔対象および方法〕ATCC標準菌株を中心とした抗酸菌(106株)とNocardia属,Rhodococcus属,Gordona属合わせて計112株を用いて,rPoB遺伝子シークエンスと16SrRNAシークエンスを行った。そしてDDH法不明菌38臨床分離株のシークエンス結果を2つの方法のデータベースで相同性を調べ,菌種を決定した。〔結果・考察〕研究対象となった112株のうち16SrRNAシークエンス(RIDOM)では69,6%,rpoB遺伝子シークエンスでは89。3%が同定可能であった。16SrRNAシークエンス(RIDOM)では同定できないM.kansasiiなど11菌種をrpoB遺伝子データベースでは分けることが可能であったが,2つのシークエンスを用いてもM.tubereulosisなど12菌種を分けることができなかった。DDH法不明菌種の38株はM.heckeshomense,M.branderiなど21菌種として同定され,両方の方法を組み合わせることによって97.4%が同定可能であった。

[Purpose] To classify a specific Mycobacterium among various mycobacteria utilizing sequencing of rpoB gene. To classify mycobacteria not identified by DNA-DNA hybridization (DDH) using sequencing of <I>rpoB</I> and 16S rRNA gene.<BR>[Objects and methods] Classification of 106 Mycobacteria strains, one <I>Nocardia</I> strain, one <I>Rhodococcus</I> strain, four <I>Gordona</I> strains was made by using partial sequencing of <I>rpoB</I> and 16S rRNA (RIDOM). Thereafter, 38 mycobacteria clinical strains not identified by DDH were classified utilizing the DNA sequencing data.<BR>[Results] Pairs of <I>M. kansasii</I> and <I>M. gastri</I>, <I>M. abscessus</I> and <I>M. chelonae</I>, <I>M. fortuitum</I> (ATCC49404) and <I>M. polcinum</I>, <I>M. peregrinum</I> and <I>M. septicum</I>, <I>M. farucinogense</I> and <I>M. senegalense</I> and <I>M. fortuitum</I> (ATCC49403), <I>Rhodococcus</I>, <I>Nocardia</I> and Gordona strains were classified using sequencing of <I>rpoB</I> gene. Even though sequencing of <I>rpoB</I> and 16S rRNA gene was utilized, it was impossible to classify <I>M. tuberculosis complex</I>, <I>M. avium</I> family, <I>M. marinum</I> and <I>M. ulcerans</I>, and <I>M. fortitum</I> subsp. <I>fortuitum</I> and <I>M. fortuitum</I> subsp. <I>acetamidolyticus</I>.<BR>The 38 mycobacteria clinical strains not identified by DDH were successfully classified using sequencing of both <I>rpoB</I> and 16S rRNA. These sequencing analyses showed that <I>M. heckeshornense</I>, <I>M. branderi</I>, <I>M. intermedium</I>, <I>M. shimoidei</I>, <I>M. wolinskyi</I>, <I>M. malmoense</I> and <I>M. lentiflavum</I> could be identified. Thirty six clinical isolates (94. 7%) and 32 clinical isolates (84. 2%) were identified by <I>rpoB</I> sequencing and 16S rRNA sequencing (RIDOM), respectively.<BR>[Conclusion] The classifi cation ratio of mycobacteria including <I>Nocardia</I>, <I>Rhodococcus</I> and <I>Gordona</I> is 69. 6% for sequencing of 16S rRNA and 89. 3% for sequencing of <I>rpoB</I> gene. Sequencing of <I>rpoB</I> is useful for classification of mycobacteria due to its genetic diversity, but has some limitation in its application. In order to classify mycobacteria more accurately, it is important to combine sequencing of <I>rpoB</I> and 16S rRNA and biochemical/biological tests.

収録刊行物

  • 結核  

    結核 81(9), 551-558, 2006-09-15 

    JAPANESE SOCIETY FOR TUBERCULOSIS

参考文献:  27件

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10018399501
  • NII書誌ID(NCID)
    AN00073442
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    00229776
  • NDL 記事登録ID
    8095202
  • NDL 雑誌分類
    ZS21(科学技術--医学--内科学)
  • NDL 請求記号
    Z19-133
  • データ提供元
    CJP書誌  CJP引用  NDL  J-STAGE 
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