膜タンパク質ブラウン動力学シミュレーション法の開発

• 金 完起

  東京理科大学量子生命情報研究センター

• 伊藤 隆宏

  東京理科大学基礎工学部

• 山登 一郎

  東京理科大学基礎工学部

• 安藤 格士

  東京理科大学基礎工学部

書誌事項

タイトル別名

• Development of an Implicit Membrane Model for Brownian Dynamics Simulation
• マク タンパクシツ ブラウン ドウリキガク シミュレーションホウ ノ カイハツ

抄録

ブラウン動力学（Brownian Dynamics；BD）法は溶媒を明示的に扱わないため計算を高速化することができる。従来のBD法は水環境でのタンパク質シミュレーションを対象にしていたため、膜タンパク質には適用できなかった。本研究では膜環境をも非明示的に再現することによってBD法を膜タンパク質のシミュレーションに適用できるように拡張した。αヘリックス構造のポリアラニンペプチドやパピロマーウイルス由来のE5タンパク質、蜂毒のメリチンをモデルとしてシミュレーションした結果、疎水性であるポリアラニンとE5膜タンパク質は膜中で安定に存在した。また、両親媒性であるメリチンペプチドは膜表面に安定に結合していた。これらの結果から、本膜モデルを用いたBD法は膜タンパク質のシミュレーションに有効であると考えられる。

収録刊行物

• Journal of Computer Chemistry, Japan

  Journal of Computer Chemistry, Japan 6 (5), 253-262, 2007

  日本コンピュータ化学会

キーワード

• Brownian dynamics
• Membrane protein
• Implicit membrane model
• Solvent-accessible surface area
• Atomic solvation parameters

詳細情報

• CRID: 1390001205178538112
• NII論文ID: 10020274839
• NII書誌ID: AA11657986
• DOI: 10.2477/jccj.6.253
• ISSN: 13473824
• ISSN: 13471767
• NDL書誌ID: 9316077
• Web Site: https://ndlsearch.ndl.go.jp/books/R000000004-I9316077
• Web Site: http://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/6/5/6_6.253/_pdf
• 本文言語コード: ja
• データソース種別:
  • JaLC
  • NDL
  • Crossref
  • CiNii Articles
• 抄録ライセンスフラグ: 使用不可