生体高分子の Web 教材集の Chime 版から Jmol 版への移植ならびに新機能の追加 Exporting Web Educational Materials on Biopolymers Converted from Chime Version to Jmol Version and Added New Functions

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著者

    • 本間 善夫 HONMA Yoshio
    • 県立新潟女子短期大学生活科学科 Department of Human Life and Environmental Science, Niigata Women's Junior College

抄録

Javaアプレットで動作するフリーの分子ビューアJmolを利用し,ブラウザで3D構造を参照できる生体高分子のWeb教材集を作成して公開した.Protein Data Bank(PDB)に収録されている構造データを必要に応じて加工し,Jmolスクリプトを用いて各データに適した様々な表示変更が可能になるようにしたもので,生命科学の教育・学習に活用可能である.<BR>これまで本研究室では以前広くChimeを用いて公開してきた教材を順次変換しているもので,膜タンパク質,シトクロムP450, 糖タンパク質など,種類別にしてそれぞれ構造の特徴を強調可能にすることで使いやすくしている.

Using Jmol, a free molecule viewer that operates on the Java applet, a collection of web educational materials on biological macromolecules that allow three-dimensional structures on the browser was prepared and released. It processes structural data included in the Protein Data Bank (PDB) as needed, using the Jmol script to enable various display alignments according to each datum, which can be utilized for learning and education of life sciences.<BR>This is a successive conversion of materials that had been released using Chime at our laboratory, modified for easier use by classification of types such as membrane proteins, cytochrome P450s and glycoproteins, and allowing each structure's characteristics to be highlighted.

収録刊行物

  • Journal of computer chemistry, Japan  

    Journal of computer chemistry, Japan 7(1), 21-26, 2008-03-15 

    Society of Computer Chemistry, Japan

参考文献:  17件

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被引用文献:  1件

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10021072162
  • NII書誌ID(NCID)
    AA11657986
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    13471767
  • NDL 記事登録ID
    9661268
  • NDL 雑誌分類
    ZP1(科学技術--化学・化学工業) // ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL 請求記号
    Z74-C857
  • データ提供元
    CJP書誌  CJP引用  NDL  J-STAGE 
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