高分子とカオス : 異常拡散と階層的規則性 Polymers and Chaos : Anomalous Diffusion and Hierarchical Regularity

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抄録

複数の階層的時間スケールにまたがるタンパク質の"複雑"なダイナミックスを特徴づけるために,従来のリヤプノフ指数を有限サイズ領域に拡張した有限サイズリヤプノフ指数という解析手法を導入する。粗視化タンパク質モデルの折れたたみダイナミックスに対して,この手法を応用するとともに,観測された異常拡散現象について議論する。

A novel method is proposed which quantifies collectivity emerging at coarse-grained space and time scales in multi-scale protein dynamics. This is based on the combination of the principal component (PC) and the finite size Lyapunov exponent (FSLE). This method can systematically assess the coarse-grained dynamics at different scales in the reduced PC space. As an illustrative vehicle, we apply the method to a model protein composed of 46 amino beads with three different types of residues. We show how the motion of the model protein changes depending on the space scales and the choice of degrees of freedom. In particular, anomalous superdiffusion is revealed along the first PC in the unfolded state. The implication of the existence of superdiffusion in the folding dynamics is discussed.

収録刊行物

  • 高分子  

    高分子 57(2), 58-61, 2008-02-01 

    The Society of Polymer Science, Japan

参考文献:  17件

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10021118818
  • NII書誌ID(NCID)
    AN00084926
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    REV
  • ISSN
    04541138
  • NDL 記事登録ID
    9368535
  • NDL 雑誌分類
    ZP16(科学技術--化学・化学工業--高分子化学・高分子化学工業)
  • NDL 請求記号
    Z17-90
  • データ提供元
    CJP書誌  NDL  J-STAGE 
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