二重相互交配による標準家系の大きさおよび染色体上のマーカーの間隔が連鎖解析の効率に及ぼす影響 Effects of Population Size and Marker Interval on Efficiency of Constructing a Genetic Linkage Map Using Reference Family from Intercross

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抄録

連鎖解析のための標準家系の大きさおよび染色体上のマーカーの間隔が連鎖解析の効率に及ぼす影響をコンピュータシミュレーションによって調べた.標準家系は二重相互交配によって作成するものとした.標準家系の大きさの影響を調べるため,以下に示す3種類の標準家系を想定した.(1) 雄3頭雌6頭(P世代)の交配から各腹1頭雄1~10頭のF<sub>1</sub>を得る.F<sub>1</sub>の雌は各腹8頭のF2を産する.(2)P世代の雄6頭雌12頭の交配から各腹雄1頭雌1,2,4または8頭のF<sub>1</sub>を得る.F<sub>1</sub>の雌はF2の総頭数が192頭になるように子を産する.(3) P世代の雄の頭数を1~3頭,雌の頭数を6または12頭,F<sub>1</sub>世代の雄の頭数を12または24頭とし,F<sub>1</sub>世代の雌の頭数を24頭に固定し,各腹8頭のF2を産する.いずれの場合もF<sub>1</sub>の雌は同世代の雄と無作為に交配するものとした.染色体の長さは1.2M(モルガン),マーカーの位置は無作為に発生させ,その平均間隔は0.05,0.10,0.15または0.20Mとした.マーカーには2つの多型を想定し,その頻度は0.5に固定した場合とランダムに発生させた場合の2通りを想定した.F2のマーカーの型を調べることによって,染色体の長さおよびマーカー間の連鎖距離を推定するとともに,ロッドスコア(Z)および二重ヘテロの割合等を算出した.その結果,標準家系のF2の頭数は多いほど連鎖解析の効率は高まるものの,効率の増加率は減少した.また,マーカーの平均間隔を短くすることによって,染色体の長さの平均二乗誤差およびマーカー間に二重ヘテロが存在しない割合は必ずしも減少するとは限らなかった.さらに,F<sub>1</sub>世代の雌の頭数(F2の頭数)を一定にした場合,P世代の雌雄頭数やF<sub>1</sub>世代の雄の頭数が多いほどわずかながら連鎖解析の効率は高まった.

Effects of population size, and interval of markers on a chromosome in reference family on the efficiency of linkage analysis was studied using computer simulation. The genetic linkagemap was constructed using a two generation reference population of intercross. Three types of reference populations were used for investigating the effect of reference population size: The first comprised 6 F<sub>1</sub> sires and 10 different numbers of F<sub>1</sub> dams (6 to 60) derived from a cross between three grandsires from a different breed with six grandams from another breed. Each F<sub>1</sub> dam produced eight progenies. The second comprised 12 F<sub>1</sub> sires and 12, 24, 48 or 96 F<sub>1</sub> dams derived from a cross between six grandsires and 12 grandams. F<sub>1</sub> dams produced 192 F2 progenies altogether. The third comprised 24 F<sub>1</sub> dams and 12 or 24 F<sub>1</sub> sires derived from across between 1, 2 or 3 grandsires and 6 or 12 grandams and each F<sub>1</sub> dam produced eight progenies. All F<sub>1</sub> dams were mated randomly to each type of F<sub>1</sub> sires from reference population. Chromosomal map length of 1.2 Morgans, and an average interval between markers of 0.05, 0.10, 0.15 or 0.20 Morgans on a chromosome and two alleles of markers were assumed. The considered markers were placed at random intervals on a chromosome. Chromosomal map length and recombination rate between markers with the lod scores (Z) were estimated using genotypic data from the reference population. Efficiency of linkage analysis increased consistently, but the rate declined steadily as the number of F2 animals increased. The shortest average interval between markers was not always the best efficiency for mean square error of chromosomal length and rate of no double heterozygote between markers. The efficiency of linkage analysis increased slightly as the number of grandparents and F<sub>1</sub> sires increased when number of F<sub>1</sub> dams (F2 animals) was kept constant.

収録刊行物

  • 日本畜産學會報 = The Japanese journal of zootechnical science  

    日本畜産學會報 = The Japanese journal of zootechnical science 69(2), 126-132, 1998-02-25 

    Japanese Society of Animal Science

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10021726831
  • NII書誌ID(NCID)
    AN00195188
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    1346907X
  • データ提供元
    CJP書誌  CJP引用  J-STAGE 
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