二重相互交配による標準家系のF_1世代の交配方法が連鎖解析の効率に及ぼす影響 Effect of Different Mating Structures of F_1 in Reference Family of Intercross on the Efficiency of Linkage Analysis

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抄録

連鎖解析のための標準家系の交配方法がマーカー間の距離の推定および連鎖検定の効率に及ぼす影響をコンビュータシミュレーションによって調べた.標準家系は二重相互交配によって作成するものとし,そのF1は雄3頭雌6頭の交配から各腹雄2頭雌4頭を得るものとした.次にF<sub>1</sub>世代の交配により,各腹8頭,計192頭のF<sub>2</sub>を得るものとした.このF<sub>1</sub>世代は,(1) 全,半きょうだいを回避する交配,(2) 無作為交配,(3) 全きょうだい交配の3通りを想定した.染色体の長さは1.2M(モルガン),マーカーの平均間隔は0.05,0.10,0.15または0.20Mとし,各マーカーには2つの多型を想定した.マーカーは染色体上に等間隔に配置した場合と無作為間隔に配置した場合の2通り,多型の頻度はすべての座位で0.5に固定した場合と各集団ごとの各座位でランダムな場合の2通りを想定した.得られた産子のマーカーの多型を調べることによって,染色体の長さおよびマーカー間の距離(組換率)を推定するとともに,ロッドスコア(Z値)を算出した.その結果,(1) 推定連鎖距離の平均二乗誤差は(1)が最も小さく,次いで(2),(3)の順であった.(2) 全マーカー間のうち連鎖の検定結果に有意な差(3<Z)が認められる割合は(1)>(2)>(3)の順であり,マーカーの平均組換率が大きいほど(1)と(3)の差は大きくなった.したがって,標準家系のF1世代においては,全,半きょうだいを回避する交配が最も望ましいと結論づけた.

Comparison of mating structure of F1 in reference family on the efficiency of linkage analysis was investigated using Monte Carlo computer simulation. The genetic linkage map was constructed using a two generation reference population comprising of 24 full sib families and 192 progenies derived from a intercross between 12 F<sub>1</sub> sires and 24 F<sub>1</sub> dams. F<sub>1</sub> animals were produced by crossing three grandsires from a different family line with six grandams from another family line. The mating of F<sub>1</sub> was considered to be (1) avoiding sib mating, (2) random mating and (3) full sib mating. A chromosomal map length of 1.2 Morgans was assumed. The average interval between markers was 0.05, 0.10, 0.15 or 0.20 Morgans and all DNA markers or genes had two allelles. The considered markers were placed at regular or random intervals on a chromosome. The marker alleles of each initial population were fixed or random with a 0.5 expected frequency. Chromosomal map length and recombination rate between markers with the lod scores (Z) were estimated using genotypic data from the reference population. Full sib mating of F1 yielded the largest mean square error and avoiding sib mating yielded the smallest mean square error of chromosomal map length and recombination rate. Rate of 3<Z became higher in the order, (1), (2), (3). The difference between (1) and (3) increased with increase in average interval between markers on a chromosome.

収録刊行物

  • 日本畜産學會報 = The Japanese journal of zootechnical science  

    日本畜産學會報 = The Japanese journal of zootechnical science 69(1), 26-31, 1998-01-25 

    Japanese Society of Animal Science

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    10021726989
  • NII書誌ID(NCID)
    AN00195188
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    1346907X
  • データ提供元
    CJP書誌  CJP引用  J-STAGE 
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