Modified PrefixSpan 法の並列化と動的負荷分散手法 Parallelization and Dynamic Load Balancing for Modified PrefixSpan

この論文にアクセスする

この論文をさがす

著者

抄録

モチーフはアミノ酸配列中に存在する特徴的なパターンであり,生物学的に意味があると考えられている.アミノ酸配列中に存在する頻出パターンからモチーフを発見することができる.アミノ酸配列中の頻出パターンを効率的に発見するために,高速な頻出パターン抽出アルゴリズムが求められている.本論文では,PC クラスタ上でアミノ酸配列から頻出パターンを並列に抽出する並列Modified PrefixSpan 法を示し,その動的負荷分散手法を提案する.並列Modified PrefixSpan 法はPC クラスタ間でタスクを分配する手法であり,マスタ・ワーカ型の並列処理を用いている.Modified PrefixSpan 法では,タスクの負荷に非常に大きな偏りがあり,さらにタスクの処理時間を見積もることができない.このような状況下での動的負荷分散手法として,マスタ・タスク・ステイル法を提案する.マスタ・タスク・ステイル法は,タスク粒度をできるだけ細かくし,負荷の偏りが生じた時点でのみマスタプロセスがワーカプロセスのタスクプールからタスクを集める手法である.A motif is the featured pattern which is biologically meaningful in the amino acid sequences. The motif is discovered from the frequent patterns. In order to extract the frequent patterns that can become motifs in the amino acid sequences efficiently, a high-speed frequent pattern extraction algorithm is required. In this paper, a parallel Modified PrefixSpan which extracts frequent patterns in parallel on an actual PC cluster is presented. Then the dynamic load balancing for the parallel Modified PrefixSpan is proposed. The parallel Modified PrefixSpan exploits a master-worker parallelism that distributes tasks among the computers on the PC cluster. In the Modified PrefixSpan, the bias of load of task is very large. Moreover, the processing time of the task cannot be estimated. A master-task-steal methodology is proposed for the dynamic load balancing technique under such situation. The master-task-steal methodology is the technique which gathers all tasks located in the worker processes' task pool only when the bias of the load arises.

A motif is the featured pattern which is biologically meaningful in the amino acid sequences. The motif is discovered from the frequent patterns. In order to extract the frequent patterns that can become motifs in the amino acid sequences efficiently, a high-speed frequent pattern extraction algorithm is required. In this paper, a parallel Modified PrefixSpan which extracts frequent patterns in parallel on an actual PC cluster is presented. Then the dynamic load balancing for the parallel Modified PrefixSpan is proposed. The parallel Modified PrefixSpan exploits a master-worker parallelism that distributes tasks among the computers on the PC cluster. In the Modified PrefixSpan, the bias of load of task is very large. Moreover, the processing time of the task cannot be estimated. A master-task-steal methodology is proposed for the dynamic load balancing technique under such situation. The master-task-steal methodology is the technique which gathers all tasks located in the worker processes' task pool only when the bias of the load arises.

収録刊行物

  • 情報処理学会論文誌数理モデル化と応用(TOM)

    情報処理学会論文誌数理モデル化と応用(TOM) 46(SIG10(TOM12)), 138-152, 2005-06-15

    社団法人情報処理学会

参考文献:  19件中 1-19件 を表示

被引用文献:  1件中 1-1件 を表示

各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    110002768720
  • NII書誌ID(NCID)
    AA11464803
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    Article
  • ISSN
    1882-7780
  • NDL 記事登録ID
    7408511
  • NDL 請求記号
    Z74-C192
  • データ提供元
    CJP書誌  CJP引用  NDL  NII-ELS  IR  IPSJ 
ページトップへ