RNA二次構造予測における塩基対数最大化アルゴリズム高速化の検討(セッション5)

• 柴田 圭

  九州大学大学院システム情報科学府情報理学専攻

• 馬場 謙介

  九州大学大学院システム情報科学研究院情報理学部門

書誌事項

タイトル別名

• A Note on Speedup of Maximal-pairing Algorithm for RNA Secondary Structure Prediction

抄録

RNA配列の解析においては,文字列としての単純な並びよりも,塩基対の相互作用による二次構造が重要視されている.本稿では,RNAの二次構造予測の最も基本的なアルゴリズムとして,Nussinovらによる塩基対数最大化アルゴリズムに着目し,高速化の検討を行っている.このアルゴリズムで行われる計算のうち,単純な並列化が適用できない部分について,事前の計算結果から省略できる場合が判別できることを示している.そして,アルゴリズムの高速化へ向けての,この手法の具体的な適用について検討している.

収録刊行物

• 情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 2006 (135), 107-110, 2006-12-21

  一般社団法人情報処理学会

詳細情報

• CRID: 1571698602197169792
• NII論文ID: 110006164322
• NII書誌ID: AA12055912
• ISSN: 09196072
• 本文言語コード: ja
• データソース種別:
  • CiNii Articles