相互作用RNA2次構造予測 : 形式文法によるアプローチ

• 加藤 有己

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

• 阿久津 達也

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

• 関 浩之

  奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科

書誌事項

タイトル別名

• Secondary Structure Prediction of Interacting RNAs : A Grammatical Approach

抄録

遺伝子発現の転写後調節に係わるRNA間の相互作用が注目されている.これまで動的計画法に基づいて相互作用するRNAの2次構造予測が行われてきたが,形式文法による手法は提案されていなかった.本稿では,多重文脈自由文法(MCFG)に基づいてRNA間相互作用をモデル化する方法を提案する.まず,MCFGの確率的拡張モデルに対して,確率最大の導出木を計算する多項式時間の構文解析アルゴリズムを与える.これはキッシングヘアピンループを含む結合2次構造予測に適用される.また,実験によって提案手法がDPに基づく既存研究と同等以上の性能を上げることを示す.
Much attention has been paid to RNA-RNA interaction involved in posttranscriptional regulation of gene expression. Although there have been a few studies on secondary structure prediction of interacting RNAs based on dynamic programming (DP) algorithm, no grammar-based approach has been proposed. This paper provides a new modeling for RNA-RNA interaction based on multiple context-free grammar (MCFG). We present a polynomial time parsing algorithm for finding the most likely derivation tree for the stochastic version of MCFG, which is applicable to joint secondary structure prediction including kissing hairpin loops. Also, tests on prediction using the proposed method have shown that our approach is comparable to an existing work based on DP.

収録刊行物

• 情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 2007 (128), 129-136, 2007-12-20

  一般社団法人情報処理学会

詳細情報

• CRID: 1571698602245492352
• NII論文ID: 110006594836
• NII書誌ID: AA12055912
• ISSN: 09196072
• 本文言語コード: en
• データソース種別:
  • CiNii Articles