整数計画法によるシュードノットつきRNA2次構造予測

• プンサップ アンヤーニー

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

• 加藤 有己

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

• 阿久津 達也

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

書誌事項

タイトル別名

• Prediction of RNA Secondary Structure with Pseudoknots Using Integer Programming

抄録

生体高分子の機能の解明にはその折り畳み構造を理解する必要があるとされている.特に,機能的非コードRNAが注目を集めている.RNAの立体構造を予測することは困難であるため,シュードノットを含む,または含まない2次構造を予測する研究が行われてきた.本稿では,整数計画法を2次構造予測に適用する手法を提案する.ここで,シュードノットを含まない構造と,任意の平面的シュードノット構造を予測するための2つの定式化を導入する.さらに,提案手法を使った構造予測に関するいくつかの実験結果を示す.
Understanding the function of biological molecules requires knowledge of their folded structures. In particular, noncoding functional RNAs have received much attention, Due to the difficulty in predicting the three dimensional structure of RNA, research efforts have shifted to the prediction of secondary structure both with and without pseudoknots. In this paper, we present a method of applying integer programming (IP) to RNA secondary structure prediction. We introduce a method with respective IP formulations for predicting pseudoknot-free structure as well as arbitrary planar pseudoknotted structure. Furthermore, we show some experimental results on structure prediction using the proposed method.

収録刊行物

• 情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 2007 (128), 137-142, 2007-12-20

  一般社団法人情報処理学会

詳細情報

• CRID: 1574231877035872128
• NII論文ID: 110006594837
• NII書誌ID: AA12055912
• ISSN: 09196072
• 本文言語コード: en
• データソース種別:
  • CiNii Articles