マルチプルアラインメントプログラムPRIMEの速度・精度両面からの改良

• 山田 真介

  早稲田大学大学院理工学研究科情報ネットワーク専攻 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター

• 後藤 修

  産業技術総合研究所生命情報工学研究センター 京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻

• 山名 早人

  早稲田大学大学院理工学研究科情報ネットワーク専攻

書誌事項

タイトル別名

• Improvement in speed and accuracy of multiple sequence alignment program PRIME

抄録

マルチプルアラインメント(MSA)の作成はバイオインフォマティクスにおいて重要な役割を果たす。これまでにさまざまなMSAアルゴリズムが考案されてきたが、依然として改良が続けられている。我々はPRIMEというMSAプログラムを開発してきた。PRIMEは精度の良いアラインメントを作成可能であるが、他の高精度なプログラムと比べて計算が遅い。そこで、ヒューリスティックな手法を新たにPRIMEへ導入した。ベンチマークの結果から精度の低下を2%程度に抑え、2倍以上の高速化を実現することができた。また、maximal expected accuracy (MEA)法に基づいたMSAアルゴリズムについても評価を行い、配列数が多い場合に多大な計算時間を要するものの、元のPRIMEより高精度であることが分かった。
Multiple sequence alignments (MSAs) are useful tools in bioinformatics, and many MSA algorithms have been developed. We have developed an MSA program PRIME, which is one of the most accurate programs. However, PRIME is slower than other leading MSA programs. Therefore, we newly incorporate heuristics into PRIME. The benchmark results indicated that these heuristics contributed to significant reduction in the computational time with the slight accuracy decrease. Additionally, we evaluated the effectiveness of an algorithm based on maximal expected accuracy (MEA). Our experiments revealed that the MEA-based algorithm is significantly more accurate than the standard version of PRIME with considerable increase in computation time.

収録刊行物

• 情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 2007 (128), 267-274, 2007-12-20

  一般社団法人情報処理学会

詳細情報

• CRID: 1571135652292069632
• NII論文ID: 110006594863
• NII書誌ID: AA12055912
• ISSN: 09196072
• 本文言語コード: en
• データソース種別:
  • CiNii Articles