遺伝子発現状態'On/Off'仮説に基づいたマイクロアレイデータ解析(<特集>バイオインフォマティクス) Microarraydata analysis based on 'on/off' hypothesis(<Special Section>Bioinformatics)

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抄録

数千から数万種といった規模の遺伝子発現を同時に観察することができるマイクロアレイは,遺伝子あるいは遺伝子間の相互作用と細胞レベルの機能を結びつける知見が得られるという点で生物医学領域に大きな期待を与えてきたが,研究成果の再現性に問題があることも次第に明らかになりつつある.マイクロアレイデータ解析が確実な研究基盤をもった研究分野に成熟するためには,マイクロアレイデータが得られるまでの複雑な背景を考慮したノイズの調整が必須である.本稿では,マイクロアレイデータ解析において遺伝子の発現・非発現(On/Off)を導入することにより,Affymetrix社GeneChipのプローブレベルのデータの数理構造を明らかにし,遺伝子発現の特徴量を'遺伝子発現強度の大きさ'を表す指標と'遺伝子がOnである確率'の2つの指標で表すことを提案した.また,それらの指標を用いて神経芽細胞腫の予後に関連する遺伝子の探索を行い提案した指標の有効性について検証した.

Microarray technology is now increasingly being used in versatile medical and biological fields as a high-throughput method for measuring the expression levels of thousand of genes simultaneously. It is often applied for disease diagnosis, identifying biomarkers, and studying function of genes. On the other hand, microarray analyses have a critical problem that they produce differing results with the same data. To establish a certain algorithm for adjustment various kinds of noise is a key point for microarray data analyses obtaining reliable results. We gave a mathematical description to Affymetrix GeneChip probe level data based on 'On/Off' hypothesis and proposed to express a feature of it with a pair of novel indicators; one expresses a signal intensity, the other expresses a probability of gene being 'On/Off'. The validity of the proposed method was shown by identifying 5 genes relating to the outcome of neuroblastoma.

収録刊行物

  • 日本統計学会誌. シリーズJ

    日本統計学会誌. シリーズJ 38(2), 237-250, 2009

    日本統計学会

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各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    110007226103
  • NII書誌ID(NCID)
    AA11989749
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    ART
  • ISSN
    03895602
  • NDL 記事登録ID
    10294984
  • NDL 雑誌分類
    ZD43(経済--統計)
  • NDL 請求記号
    Z3-1003
  • データ提供元
    CJP書誌  NDL  NII-ELS  IR  NDL-Digital 
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