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抄録
多様な二次代謝化合物の生合成経路を推定するには,酵素反応式中で変化または保存する化学構造を求める必要がある.これは,反応式の両辺を構成する化合物をそれぞれグラフとして定義しマッチングを求めることに相当するが,酵素反応の性質を考慮することで一般的なグラフマッチングより簡略な解法が可能である.本研究では,与えられた完全または部分反応式から原子の移動を表す化合物ペアを自動抽出する方法を報告する.
Identifying conserved or changing chemical substructures in enzyme reactions facilitates predicting possible biosynthetic pathways of various secondary metabolites. This issue can be formulated as a matching problem where each side of the reaction equation is depicted as a graph. Graph matching is known to be NP-hard, but with the nature of enzyme reactions, simpler solutions are possible. In this study, we developed a simplified method to decompose a complete or partial equation into a set of compound pairs representing the flow of atoms.