論文中に共起する遺伝子への生物知識ベースによる意味付け

• 川島 秀一

• 岡本 忍

• 金久 實

書誌事項

タイトル別名

• Interpretation of gene pairs co-occurred in research papers with biology knowledge-bases

抄録

Gene Indexingは，学術論文全文から遺伝子情報を人手により抽出したデータであり，主にシアノバクテリアについて，18万件の，遺伝子IDと記載場所の情報（題名，導入，手法，結果，考察等）が対応づけられたレコードが蓄積されている．本発表では，このデータを利用して，論文中の各セクションに共起する遺伝子ペアが，同じパスウェイやタンパク質複合体上に存在する割合や，同じタンパク質ドメインを持つ割合を調査し，記述されるセクション毎の共起遺伝子の特徴付を試みた．得られた結果を，文献マイニングに利用する方法についても考察したい．The Gene Indexing is a data collecion which stores gene identifiers described in scientific papers of mainly cyanobacteria. The record consists of a gene id, a pubmed id and a section in which the gene id are described. In this study, we addressed the characteristics of each sections of scientific papers from the viewpoint that how much the co-occurrenced genes of each section would be observed in a same cellular pathway or share same protein domains. We think the characteristics are applicable to develop efficient tools to retrieve relevant papers.

収録刊行物

• 研究報告バイオ情報学（BIO）

  研究報告バイオ情報学（BIO） 2011 (13), 1-2, 2011-03-03

詳細情報

• CRID: 1572261551916438400
• NII論文ID: 110008584218
• NII書誌ID: AA12055912
• 本文言語コード: ja
• データソース種別:
  • CiNii Articles