生物群集解析のための類似度とその応用 : Rを使った類似度の算出、グラフ化、検定

• 土居 秀幸

  (現)広島大学サステナブル・ディベロップメント実践研究センター

• 岡村 寛

  (独)水産総合研究センター遠洋水産研究所

書誌事項

タイトル別名

• Similarity indices, ordination, and community analysis tests using the software R
• セイブツ グンシュウ カイセキ ノ タメ ノ ルイジド ト ソノ オウヨウ R オ ツカッタ ルイジド ノ サンシュツ グラフカ ケンテイ

抄録

群集生態学では、古くから類似度指数を用いた解析が頻繁に用いられてきた。しかし近年、汎用性の高い新たな類似度や検定手法が提案されているにもかかわらず、それらが十分に普及し利用されているとは言い難い。そこで、本総説では、現在までに発表されている代表的で有用な類似度、それを使ったグラフ表示、統計的検定について解説を行う。各類似度の成り立ち、指数ごとの特性、利用方法について初学者向けの説明を試みる。各種手法の理解の助けのため、統計ソフトRのveganパッケージを用いた分析を取り上げ、例題や付録のRコードを用いてveganによる解析手順を紹介する。利用実態としては、Jaccard指数など古くから提案されている指数が近年でも多く用いられているが、Chaoによって近年開発された指数は希少種を考慮した汎用性の高い類似度指数として優れており、Chao指数の利用が促進されることが望ましい。また、類似度を用いた検定についてもPERMANOVAなどの新しい統計手法の利用が図られるべきである。今後の群集解析において、これらの手法が取り入れられることにより、より適切な生態系の評価が行われ、新たな発見につながることが期待される。

収録刊行物

• 日本生態学会誌

  日本生態学会誌 61 (1), 3-20, 2011

  一般社団法人 日本生態学会

キーワード

• Rソフトウェア
• Chao指数
• PERMANOVA
• 統計検定
• NMDS

詳細情報

• CRID: 1390001204291807104
• NII論文ID: 110008607838
• NII書誌ID: AN00193852
• DOI: 10.18960/seitai.61.1_3
• ISSN: 2424127X
• ISSN: 00215007
• NDL書誌ID: 11079621
• Web Site: https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/2010811727
• Web Site: https://ndlsearch.ndl.go.jp/books/R000000004-I11079621
• 本文言語コード: ja
• データソース種別:
  • JaLC
  • IRDB
  • NDL
  • CiNii Articles
  • KAKEN
• 抄録ライセンスフラグ: 使用不可