MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用

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タイトル別名
  • An Application of Protein-Protein Interaction Prediction to Human Apoptotsis Signal Transduction Pathway Analysis by Using MEGADOCK

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抄録

我々が開発している MEGADOCK は,立体構造情報からタンパク質間相互作用 (Protein-Protein Interaction, PPI) を予測するソフトウェアであり,これまで細菌走化性シグナル伝達パスウェイでその性能評価が行われてきたが,その他のパスウェイでの評価はまだ行われていなかった.別パスウェイでの性能評価のために,本研究では MEGADOCK をヒトアポトーシスパスウェイ中のタンパク質群に適用し, PPI 予測を行った.その結果,構造情報の得られた 57 タンパク質から 452 の PPI が予測され,そのうち 88 の PPI が既知 PPI データベース情報として存在することを確認した.既知複合体構造をテンプレート情報として用いる PRISM の予測性能と比較すると, MEGADOCK は PRISM に比べてわずかに低い結果となった.予測結果の内容については, MEGADOCK は PRISM と大きく異なっていることが分かったので,双方のコンセンサスを取り,より信頼性の高い予測を行うことを試みた.その結果,予測の信頼度である Precision 値を改善させることに成功した.コンセンサスによる結果から未知 PPI として予測されたものの中には,実際に相互作用する可能性が高いと考えられるタンパク質ペアがいくつか含まれていることが分かった.MEGADOCK is protein-protein interaction (PPI) prediction software developed by our group, and has been only applied to the bacterial chemotaxis signaling pathway and has not been applied to other pathways yet. In this study, MEGADOCK was applied to the human apoptosis pathway for validating its performance on another pathway. As results, 452 PPIs were predicted from 57 proteins taken from the Protein Data Bank. 88 PPIs of them existed in PPI database. As compared with the predicted performance of PRISM which is another PPI prediction system based on known complex structure as template information, MEGADOCK brought a slightly low performance. Moreover, we found that the prediction results of MEGADOCK were widely different from PRISM. So we tried to predict PPI with high reliability using consensus of MEGADOCK and PRISM. As results, we succeeded to improve Precision value corresponding to prediction reliability. Also, the consensus prediction results included several new PPI candidates.

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詳細情報

  • CRID
    1571980077773769600
  • NII論文ID
    110009488517
  • NII書誌ID
    AN10505667
  • 本文言語コード
    ja
  • データソース種別
    • CiNii Articles

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