不動点定理によるドロネー性の確認

• 杉浦 典和

• 石田 貴士

• 秋山 泰

• 関嶋 政和

書誌事項

タイトル別名

• Characterizing Delaunay Graphs via Fixed Point Theorem

抄録

de Bruijn graph を用いる代表的 de novo アセンブラである Velvet は，その消費メモリの多さが課題とされている． Velvet は大きく 2 つのステップから構成されており， 1 つ目のステップについてはハッシュテーブルの分割による消費メモリの削減手法が既に提案されている．本稿では後半のステップで Velvet が作成する 1 つ目の de Bruijn Graph である PreGraph を分割することで， Velvet の特定の処理の消費メモリを削減した．It is a well-known fact that the memory consumption of Velvet, which is one of the representative de novo assembler based on de Bruijn Graph, is too large. Velvet is composed of two steps, and several methods have been already proposed for decreasing the memory consumption of the first step by dividing the hash table. Here we proposed a graph dividing method. By using this method, we have succeeded to decrease the memory consumption of a part of the latter step of Velvet, which makes the PreGraph.

収録刊行物

• 研究報告バイオ情報学（BIO）

  研究報告バイオ情報学（BIO） 2012 (24), 1-3, 2012-11-29

詳細情報

• CRID: 1571698602797058176
• NII論文ID: 110009488569
• NII書誌ID: AA12055912
• 本文言語コード: en
• データソース種別:
  • CiNii Articles