タンパク質ドメインの特徴を用いたカーネルマシンによるタンパク質間相互作用強度予測

• 鎌田真由美

  慶應義塾大学理工学部生命情報学科

• 佐久間裕介

  楽天株式会社

• 林田守広

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

• 阿久津達也

  京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

抄録

タンパク質は生体内において他のタンパク質や分子と結合する事で様々な機能を実現している.ゆえに,タンパク質間相互作用 (PPI) に関する実験研究や計算機による予測手法開発がこれまでに多く行われている.更に,PPI を相互作用するか・しないかの 2 値ではなく,多値として扱う為に導入された,PPI の強度という概念がある.この PPI 強度がタンパク質の特異性や機能性にも関連すると考えられている.そこで本研究では,アミノ酸配列から PPI 強度を予測するために,タンパク質ペアに対するタンパク質ドメイン情報を用いた特徴ベクトルを提案する.そして,サポートベクター回帰と関連ベクトルマシンを用い,生物学実験により得られたデータに対して PPI 強度予測を行った.計算機実験の結果,我々の提案手法は既存手法よりも高い予測精度を示した.

収録刊行物

• 情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学

  情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 2014 (12), 1-6, 2014-06-18

  一般社団法人情報処理学会

キーワード

• 合同企画セッション:バイオデータマイニング

詳細情報

• CRID: 1571698602879688192
• NII論文ID: 110009795447
• NII書誌ID: AA12055912
• ISSN: 09196072
• 本文言語コード: ja
• データソース種別:
  • CiNii Articles