高次元アルゴリズム（ＨＡ：　Ｈａｍｉｌｔｏｎｉａｎ　Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）を用いたＥｎｋｅｐｈａｌｉｎの立体構造の分子動力学的研究　―　ＨＡに現れるｍｉｘｉｎｇ　係数の効果　―

• 土屋 恭平

  城西大学 理学部化学科

• 寺前 裕之

  城西大学 理学部化学科

• 渡邊 寿雄

  産業技術総合研究所計算科学研究部門 科学技術振興機構CREST

• 石元 孝佳

  産業技術総合研究所計算科学研究部門 科学技術振興機構CREST

• 長嶋 雲兵

  産業技術総合研究所計算科学研究部門 科学技術振興機構CREST

書誌事項

タイトル別名

• Conformation Analysis of Enkephalin Using Hamiltonian Algorithm- Effect of Mixing Coefficient in HA -
• コウジゲン アルゴリズム HA Hamiltonian Algorithm オ モチイタ Enkephalin ノ リッタイ コウゾウ ノ ブンシ ドウリキガクテキ ケンキュウ HA ニ アラワレル mixing ケイスウ ノ コウカ

抄録

タンパク質の折れ畳み過程や構造をシミュレーションする手法である分子動力学法をより効率よく行うために生体分子の分子動力学シミュレーションプログラム：PEACHに高次元アルゴリズム（HA: Hamiltonian Algorithm）を組み込み、従来の分子動力学法との差異を比較検討した。Leu-EnkephalinとMet-Enkephalinの二種類のタンパク質を計算対象とした。HAを用いると従来法のエネルギー分布よりも低いエネルギー値を多く取ることが観測され、探索空間が広がっている事が判った。

収録刊行物

• Journal of Computer Chemistry, Japan

  Journal of Computer Chemistry, Japan 6 (5), 275-282, 2007

  日本コンピュータ化学会

キーワード

• Molecular dynamics
• Hamiltonian algorithm
• Native structure of protein
• Holding process of protein
• Enkephalin

詳細情報

• CRID: 1390001205178536448
• NII論文ID: 130000056887
• NII論文ID: 120005520445
• NII書誌ID: AA11657986
• DOI: 10.2477/jccj.6.275
• ISSN: 13473824
• ISSN: 13471767
• NDL書誌ID: 9316126
• Web Site: http://libir.josai.ac.jp/il/meta_pub/G0000284repository_JOS-13471767-6_275
• Web Site: https://ndlsearch.ndl.go.jp/books/R000000004-I9316126
• Web Site: http://www.jstage.jst.go.jp/article/jccj/6/5/6_6.275/_pdf
• 本文言語コード: ja
• データソース種別:
  • JaLC
  • IRDB
  • NDL
  • Crossref
  • CiNii Articles
• 抄録ライセンスフラグ: 使用不可