ITS プライマーを用いた PCR 法による土壌からの繊毛虫検出

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  • Detection of Soil Ciliates by ITS Primers
  • ITS プライマー オ モチイタ PCRホウ ニ ヨル ドジョウ カラ ノ センモウチュウ ケンシュツ

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抄録

A new protocol for detecting soil ciliates using internally transcribed spacer (ITS) primers was proposed. ITS primers were designed for rapidly detecting soil ciliates. Some soil ciliates were detected by using these ITS primer sets. Identifying soil ciliates under the microscope is very time-consuming ; however, this method using ITS primers can detect specific soil ciliates quickly. This method could even detect them using environmental DNA from soil in which soil ciliates had not been detected by microscopy.

土壌中の繊毛虫を簡便に検出するために, Internal Transcribed Spacer (ITS) プライマーを用いた検出手順を確立した。まず, 2009年に開発した土壌繊毛虫1個体からの DNA 抽出法を用いて, 18S rDNA による同定と ITS 領域塩基配列の解析を行い, ITS 領域塩基配列の種特異的な部分からプライマーを設計した。次に, 土壌から環境 DNA を抽出し, これを鋳型として設計した ITS プライマーを用い PCR を行ったところ, 目的のサイズの DNA 断片が増幅された。この DNA 断片の塩基配列を解読したところ, 目的の繊毛虫の配列であることが確認でき, 一連の検出手順を確立することができた。これまで主に行われていた顕微鏡下での繊毛虫の検出は, 時間もかかり, 作業も熟練を要していた。しかし, ITS プライマーを用いた PCR による方法は, 迅速な検出結果を得ることができ, 特別な熟練も必要としない。この検出法は, 将来的に土壌診断への利用も期待できる。

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