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  • RNA structure-wide discovery of functional interactions with multiplexed RNA motif library

    Komatsu Kaoru R. , Taya Toshiki , Matsumoto Sora , Miyashita Emi , Kashida Shunnichi , Saito Hirohide

    RNA構造のライブラリ化を通じてRNA 構造ごとにおけるRNA-タンパク質相互作用を大規模に解析するシステム「FOREST」の開発 --RNAを標的とする創薬に道--. 京都大学プレスリリース. 2020-12-09.

    Nature Communications (11), 2020-12-18

    IR 

  • Motif and Grammatical Inference-based Repetitive Activity Segmentation on Time Series  [in Japanese]

    TERADA Masahiro , INOUE Mao , SHIMADA Takeru , MINAMI Naoki , IMAMURA Makoto

    <p>加速度,ジャイロセンサ,モーションキャプチャーなどから取得した人の動作データを自動解析するためには,動作を構成する基本的な行為を切り出すセグメンテーション処理が重要になる.多くの従来方式では,「立ち上がる」,「歩く」,「座る」といった基本行為を,テンプレートを用いて抽出していたが,本稿では,工場の作業のように繰り返し同じ行為を反復する動作を対象として,基本行為を自動抽出し,さらに …

    Proceedings of the Annual Conference of JSAI JSAI2020(0), 4K3GS305-4K3GS305, 2020

    J-STAGE 

  • Protease-dependent virus tropism and pathogenicity: The role for TMPRSS2  [in Japanese]

    TAKEDA Makoto

    宿主プロテアーゼの局在と,ウイルス膜融合タンパクのプロテアーゼに対する基質としての特異性が,ウイルスの細胞や臓器トロピズム,そしてウイルス病原性の重大な決定因子になっている.この宿主プロテアーゼ依存性ウイルストロピズムの解明は,1970年代の本間らの宿主依存性修飾という現象の解明に始まり,タンパク質解析技術の導入とともに,それがウイルス膜融合タンパクの開裂による活性化で説明ができること,そして,核 …

    Uirusu 69(1), 61-72, 2019

    J-STAGE 

  • Prediction of the secondary structure of short DNA aptamers

    Afanasyeva Arina , Nagao Chioko , Mizuguchi Kenji

    … In this study, we tested the performance of three tools in application to DNA aptamers, since DNA aptamers are the focus of many studies, particularly in drug discovery. … We demonstrated that in most cases, the secondary structure of DNA can be reconstructed with acceptable accuracy by at least one of the three tools tested (Mfold, RNAfold, and CentroidFold), although the G-quadruplex motif found in many of the DNA aptamer structures complicates the prediction, as well as the pseudoknot interaction. …

    Biophysics and Physicobiology 16(0), 287-294, 2019

    J-STAGE 

  • Functional Heme Binding to the Intrinsically Disordered C-Terminal Region of Bach1, a Transcriptional Repressor

    Segawa Kei , Watanabe-Matsui Miki , Matsui Toshitaka , Igarashi Kazuhiko , Murayama Kazutaka

    … The Cys-Pro (CP) motif has been determined to be the heme-binding motif of Bach family proteins. … With the aim of elucidating the molecular mechanism of heme-Bach1 regulation, we conducted biophysical analyses focusing on the C-terminal region of mouse Bach1 (residues 631-739) which is located after the bZip domain and includes one functional CP motif. … UV-Vis spectroscopy indicated that the CP motif binds heme via 5-coordinated bond. …

    The Tohoku Journal of Experimental Medicine 247(3), 153-159, 2019

    J-STAGE 

  • 7-Azaindole: A Versatile Scaffold for Developing Kinase Inhibitors

    Irie Takayuki , Sawa Masaaki

    … 7-Azaindole has been found as an excellent hinge binding motif by making two hydrogen bonds with the kinase hinge region. … The huge potential of 7-azaindole as a hinge-binding motif has encouraged many researchers to employ it as a kinase privileged fragment. …

    Chemical and Pharmaceutical Bulletin 66(1), 29-36, 2018

    J-STAGE  Ichushi Web 

  • Discovery of novel small-molecule amyloid-β<b> </b>aggregation inhibitors possessing a peptide-derived pharmacophore motif  [in Japanese]

    Sohma Youhei , Arai Tadamasa , Araya Takushi , Kino Ryuto , Kanai Motomu

    <p>アカデミアならではの発想で、特色ある創薬研究を実践できればと考えている。優れた医薬機能を有するとともに、触媒反応開発主導型の構造展開を可能とする分子を創出したいという考えに基づき、アミロイドβ(Aβ)の凝集に対する独自の低分子阻害剤の開発を目指した。全長Aβのうち、凝集に重要な部分ペプチドを環状化し、構造活性相関研究を通してファーマコフォアを同定した。その活性構造情報からAβに対 …

    MEDCHEM NEWS 27(2), 87-91, 2017

    J-STAGE 

  • Discovery of novel ITK Type-1 1/2 inhibitors using fragment-based drug design  [in Japanese]

    Jikihara Sae , Yamamoto Takahiko , Yasuo Kazuya , Hattori Maki , Kano Kazuya

    <p>Interleukin-2 inducible tyrosine kinase(ITK)は、T細胞の活性化やTh1、Th2バランスの調節において重要な役割を担っていることから、阻害剤はアレルギー治療薬となることが期待されている。リード化合物は、activation loopがDFG-in型の状態でアロステリックサイトであるback pocketへ伸長しているType 1 1/2型 …

    MEDCHEM NEWS 26(3), 132-137, 2016

    J-STAGE 

  • Oligonucleotide therapeutics: past, present and future  [in Japanese]

    Inoue Takao

    アンチセンス、siRNA、アプタマーに代表される核酸医薬品は、抗体医薬品に続く次世代医薬品として注目を集めている。現在、製薬業界では創薬シーズの枯渇が問題となっているが、核酸医薬品は従来の医薬品では標的にできなかった新規分子をターゲットにできる点において魅力的である。また、薬効本体がオリゴ核酸で構成されるという共通の特徴を有すること、有効性の高いシーズ(配列)のスクリーニングが他の医薬品と比較して …

    Drug Delivery System 31(1), 10-23, 2016

    J-STAGE  Ichushi Web 

  • Self-expression and self-discovery of university students by reviewing photographs taken  [in Japanese]

    竹田 奈央 , 石田 弓

    … Therefore, this study focused on thestimulation of self-expression and self-discovery that occurred when university students tookphotographs and reviewed them. …

    広島大学大学院心理臨床教育研究センター紀要 (15), 56-71, 2016

    IR  DOI 

  • Repulsive parallel MCMC algorithm for discovering diverse motifs from large sequence sets  [in Japanese]

    池端 久貴 , 吉田 亮

    電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 115(112), 143-147, 2015-06-23

  • Online Multi-Dimensional Motif Discovery with Automatic Detection of Motif Length  [in Japanese]

    鷹取 留亞子 , 上原 邦昭

    人工知能学会全国大会論文集 29, 1-4, 2015

  • A Catalytic DNA Probe with Stem-loop Motif for Human T47D Breast Cancer Cells

    GAO Fei , LIU Feng , ZHENG Jing , ZENG MeiYun , JIANG Yuyang

    … Finally, we have determined that the intramolecular stem-loop motif plays a crucial role in 2G-LYF5 activity. …

    Analytical Sciences 31(8), 815-822, 2015

    J-STAGE  Ichushi Web 

  • Expanding Chemical Diversity of Polyketide Scaffolds Starting from Simple Aromatics Encoded by Fungal NR-PKS  [in Japanese]

    Asai Teigo , Tsukada Kento , Hashimoto Makoto , Fujii Isao , Gomi Katsuya , Oshima Yoshiteru

    <p> 生物が作り出す二次代謝物、いわゆる天然物は、その化学構造の多様性は言うまでもなく、合成ライブラリーとは異なるケミカルスペースを占有していることから、依然として新規医薬品開発における魅力的な資源である。そのため、天然物をベースとした新しいケミカルスペースの開拓が重要な課題の一つとなっている。例えば、休眠遺伝子を活用した新規二次代謝物の創出に加え<sup>1,2< …

    Symposium on the Chemistry of Natural Products, symposium papers 56(0), Oral20, 2014

    J-STAGE 

  • Constant Time Enumeration of Subtrees with Exactly <i>k</i> Nodes in a Tree

    WASA Kunihiro , KANETA Yusaku , UNO Takeaki , ARIMURA Hiroki

    … Finally, we discuss an application of our algorithm to a modification of the graph motif problem for trees. …

    IEICE Transactions on Information and Systems E97.D(3), 421-430, 2014

    J-STAGE 

  • Repulsive Parallel MCMC algorithm for DNA motif discovery  [in Japanese]

    池端 久貴 , 吉田 亮

    人工知能学会全国大会論文集 27, 4p, 2013

  • Therapeutic Modality of 11 Patients with TTP in a Single Institution in Miyazaki from 2000 to 2011

    Kawano Noriaki , Himeji Daisuke , Kodama Kieko , Uezono Shigehiro , Shimao Yoshiya , Ueda Akira , Matsumoto Masanori , Iino Hisayo , Fujimura Yoshihiro , Yokota-Ikeda Naoko , Yoshida Shuro , Kuriyama Takuro , Yamashita Kiyoshi , Sugio Yasuhiro , Makino Shigeyoshi , Ono Nobuyuki , Inoue Yasushi

    … Since the discovery of the von Willebrand factor-cleaving protease [a disintegrin and metalloproteinase with a thrombospondin type 1 motif, member 13 (ADAMTS13)], it is widely known that approximately two-thirds of TTP patients have a severe deficiency of ADAMTS13 activity due to gene mutations or acquired autoantibodies to this enzyme. …

    Internal Medicine 52(17), 1883-1891, 2013

    J-STAGE  Ichushi Web 

  • ROT4 and its homolog RTFL(<Feature Article>Plant Peptide Signals)  [in Japanese]

    Yoshimura Asami , Tsukaya Hirokazu

    … The discovery of this peptide family was based on two indepdendent activation-tagging screenings in Arabidopsis thaliana for two different aims. … Curiously, GFP-fused version of the ROT4 is localized on the plasma membrane, although the ROT4 itself has no special known motif. …

    Regulation of Plant Growth & Development 48(1), 60-66, 2013

    J-STAGE  References (19)

  • Discovery of novel rules for G-quadruplex-forming sequences in plants by using bioinformatics methods

    TAKAHASHI Hiro , NAKAGAWA Ayami , KOJIMA Shoko , TAKAHASHI Anna , CHA Byung-Yoon , WOO Je-Tae , NAGAI Kazuo , MACHIDA Yasunori , MACHIDA Chiyoko

    … Here, we propose a new approach involving a two-step procedure for identifying G-quadruplex-forming sequences (potential G4 DNA motif regions: G4MRs) and classifying positional relationships between G4MRs and genes. …

    Journal of bioscience and bioengineering 114(5), 570-575, 2012-11-25

    DOI  DOI  References (34)

  • Discovering emotion motifs in symbolic music  [in Japanese]

    Cabredo Rafael , Inventado Paul , Legaspi Roberto , Numao Masayuki

    … Using a motif discovery algorithm, we discover pairs of similar subsequences from the emotion data and find correlations with music and audio features from the song. …

    Proceedings of the Annual Conference of JSAI JSAI2012(0), 1K1IOS1a5-1K1IOS1a5, 2012

    J-STAGE 

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