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  • Integrative network analysis reveals biological pathways associated with Williams syndrome

    Kimura Ryo , Swarup Vivek , Tomiwa Kiyotaka , Gandal Michael J. , Parikshak Neelroop N. , Funabiki Yasuko , Nakata Masatoshi , Awaya Tomonari , Kato Takeo , Iida Kei , Okazaki Shin , Matsushima Kanae , Kato Toshihiro , Murai Toshiya , Heike Toshio , Geschwind Daniel H. , Hagiwara Masatoshi

    ウィリアムス症候群の多彩な症状が生じる仕組みを発見 --遺伝子発現ネットワークの異常に着目--. 京都大学プレスリリース. 2018-10-26.

    Journal of Child Psychology and Psychiatry 60(5), 585-598, 2019-05

    IR 

  • Genome-wide transcriptome analysis in Rapid cycling Brassica rapa (Fast Plants type)  [in Japanese]

    坂場 美咲 , 川邊 隆大

    東海大学紀要農学部 (38), 23-28, 2019-03-15

    IR 

  • Coexpression network analysis in barley transcriptome

    Mochida Keiichi , Uehara Yukiko , Yoshida Takuhiro , Sakurai Tetsuya , Shinozaki Kazuo

    網羅的な遺伝子発現データの収集が進み、様々な細胞プロセスに関わる遺伝子発現制御ネットワークの解析が可能になっている。特に、相当規模に収集されたマイクロアレイ等のデータセットを用いた遺伝子共発現解析は、遺伝子発現パターンから、相互に関連する遺伝子群を体系的に見つけ出すことを可能とし、遺伝子探索に有効な手法となった。私たちは、公共データベースに登録された、非冗長なオオムギの1347 GeneChipデ …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2011(0), 0651-0651, 2011

    J-STAGE 

  • KaPPA-View4: Utilization of pathway maps from KEGG for omics data analyses

    Sakurai Nozomu , Suzuki Hideyuki , Shibata Daisuke

    オミクスのデータ解析を加速するため、我々は、トランスクリプトームとメタボロームのデータを代謝経路マップ上で統合解析するためのウェブツールKaPPA-Viewを開発してきた。本公演では、従来のシロイヌナズナの代謝マップを用いたシステム(KaPPA-View4 Classic)に加え、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)が整備する代謝マップのデータ …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2011(0), 0011-0011, 2011

    J-STAGE 

  • Characterizing gene coexpression modules in rice based on a graph-clustering approach

    Fukushima Atsushi , Kanaya Shigehiko , Arita Masanori

    ゲノミクスの進展により、数多くのマイクロアレイデータが蓄積してきており、生物システムの理解に役立っている。公的に利用可能なマイクロアレイデータを用いた遺伝子共発現解析は、細胞内トランスクリプトームの組織化原理を探る研究や機能未知遺伝子の特徴づけに関して有用であることが、多くの種で示されてきた。この中で、モデル作物のイネ (Oryza sativa) における遺伝子共発現クラスタ (共発現ネットワー …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2010(0), 0288-0288, 2010

    J-STAGE 

  • Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach

    FUKUSHIMA Atsushi , KANAYA Shigehiko , ARITA Masanori

    … Meta-analysis such as gene coexpression across publicly available microarrays has demonstrated that this approach is useful for investigating transcriptome organization and for predicting unknown gene functions in biological processes ranging from yeast to humans. … However, no overall coexpression-network module in rice has been examined in detail. …

    Plant Biotechnology 26(5), 485-493, 2009-12-25

    J-STAGE  References (42) Cited by (1)

  • Functional genomics of family 1 glycosyltransferases in Arabidopsis

    YONEKURA SAKAKIBARA Keiko

    Glycosylation plays an important role for the stabilization, enhancement of water solubility and detoxification of natural products. It also contributes to the highly diverse nature of plant secondary …

    Plant Biotechnology 26(3), 267-274, 2009-06-01

    J-STAGE  References (53) Cited by (4)

  • Functional Identification of a Novel Anthocyanin Glycosyltransferase Gene in <I>Arabidopsis</I>

    Yonekura-Sakakibara Keiko , Inoue Eri , Matsuda Fumio , Wangwattana Bunyapa , Yamazaki Mami , Saito Kazuki

    植物の代謝に関与する遺伝子の多くは、多重遺伝子族として存在している。例えば、シロイヌナズナには、272のcytochromeP450遺伝子、107の配糖化酵素遺伝子が存在すると報告されており、その構造のみから機能を推定することは困難である。<br> フラボノイド配糖化酵素遺伝子の網羅的機能同定を目的に、既知のフラボノイド代謝関連遺伝子をクエリーとして、遺伝子共発現解析を行ったところ、 …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2009(0), 0326-0326, 2009

    J-STAGE 

  • Functional Identification of Flavonol 3-<I>O</I>-Arabinosyltransferase Gene in <I>Arabidopsis</I>

    Yonekura-Sakakibara Keiko , Tohge Takayuki , Niida Rie , Watanabe-Takahashi Akiko , Saito Kazuki

    7000種以上におよぶフラボノイドの多様性は、その多彩な修飾系(配糖化、アシル化、メチル化等)に起因している。シロイヌナズナにおいても、少なくとも19種類のフラボノイドが報告されており、9種類の配糖化酵素および3種類のアシル基転移酵素の関与が示唆されている。しかしながら、シロイヌナズナには107の配糖化酵素遺伝子が存在する。このため、全塩基配列の決定されたシロイヌナズナでさえ、一次構造から修飾系酵 …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2008(0), 0140-0140, 2008

    J-STAGE 

  • A Novel Algorithm for Coexpression Network Analysis and Its Application to Arabidopsis Genes

    Ogata Yoshiyuki , Sakurai Nozomu , Aoki Koh , Okazaki Koei , Saito Kazuki , Shibata Daisuke

    DNAマイクロアレイ技術の進歩により、多くの生物種で遺伝子発現データが蓄積されてきた。植物においてもゲノム解明が進み、今後さらにトランスクリプトーム解析を効率化する手法が必須である。昨年の年会で紹介した共発現予測アルゴリズムにおいて、予測された遺伝子群の共発現性を定量化する指標として「ネットワーク特異率」を導入し、予測精度の向上を実現した。<br>1388チップのシロイヌナズナDNAマ …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2007(0), 433-433, 2007

    J-STAGE 

  • Omics-based Identification of a Transcription Factor Gene Regulating Glucosinolate Biosynthesis Genes

    Hirai Masami , Aoki Koh , Nishizawa Osamu , Shibata Daisuke , Saito Kazuki , Sugiyama Kenjiro , Sawada Yuji , Tohge Takayuki , Suzuki Akane , Obayashi Takeshi , Araki Ryoichi , Sakurai Nozomu , Suzuki Hideyuki

    我々は硫黄栄養欠乏条件下でシロイヌナズナのトランスクリプトームとメタボロームの経時的変化を調べ、一括学習自己組織化マッピングにより共発現・共蓄積する遺伝子群・代謝物群を明らかにした。既知のグルコシノレート(GSL)生合成酵素遺伝子群が硫黄栄養欠乏条件下で共発現していることがわかり、これらと共発現している機能未知遺伝子は同様にGSL生合成に関与すると推察した。この考えに基づき、GSL生合成遺伝子群を …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2007(0), 201-201, 2007

    J-STAGE 

  • Integration of transcriptomics and metabolomics

    Hirai Masami Yokota

    … The integrated transcriptome and metabolome analyses lead to the identification of unknown genes and their regulatory networks involved in metabolic pathways of interest. … Combined transcriptome coexpression analysis of publicly-available condition-independent data, and the condition-specific data identified Myb28 and Myb29 as candidate transcription factor genes specifically involved in the regulation of aliphatic glucosinolate production. …

    Proceedings of the Symposium on Chemoinformatics 2007(0), JL01-JL01, 2007

    J-STAGE 

  • Speculation of coexpression in <I>Arabidopsis</I> genes using network analysis applied to transcriptome

    Ogata Yoshiyuki , Sakurai Nozomu , Aoki Koh , Suzuki Hideyuki , Saito Kazuki , Shibata Daisuke

    多数のDNAマイクロアレイデータセットを解釈するために、適切な共発現クラスターを選別する手法が必須である。従来、クラスター解析がクラスター選別に適用されてきたが、この解析手法を用いて各遺伝子のネットワークを解明するには大きな課題が残されている。そこで、本報告では、従来のクラスター解析に代わり、ネットワーク解析を網羅的な遺伝子共発現解析に適用する手法を紹介する。<br> 771条件のD …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2006(0), 106-106, 2006

    J-STAGE 

  • Comprehensive functional genomics approach by integration of coexpression analysis and metabolic profiling in Arabidopsis flavonoid metabolism

    Tohge Takayuki , Sakakibara Keiko , Shibata Masahisa , Obayashi Takeshi , Saito Kazuki

    モデル植物の全ゲノム配列解読以後、ゲノム情報を用いたポストゲノム科学や他植物との比較ゲノム科学が急速に行われてきた。近年では代謝産物蓄積の分析(メタボロミクス)や遺伝子表現の包括的解析(トランスクリプトミクス)を通して、各データベースやバイオリソースを活用したファンクショナルゲノミクスのハイスループット化が課題の一つとなっている。すでに、演者らは<I>PAP1</I> 遺伝 …

    Plant and Cell Physiology Supplement 2006(0), 339-339, 2006

    J-STAGE 

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