RT-PCR法で検出されたノーウオーク様ウイルス遺伝子のプローブ型とプライマーペア別検出成績  [in Japanese] Probe Types of Norwalk-like Viruses Genome Detected by RT-PCR with Seven Primer Pairs in Yamanashi Prefecture  [in Japanese]

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Abstract

Norwalk-1ike viruses (NLVs) の検出には電子顕微鏡法と併せてRT-PCR法による遺伝子検出が盛んに行われているが, RT-PCRに用いるプライマーペアの種類と数が検出率を左右する重要な要素と考えられる. そこで今回われわれはNLVs遺伝子検出に有用なプライマーペアについて検討した.<BR>山梨県で1997年12月から2000年3月にRT-PCR法で検出されたNLVs遺伝子48件をプローブ型別した結果, G2P℃ が21件と最も多く, 次いでG2P-B10件, G2P-A6件, GIP-A3件, GIP-B2件, G2P-AとG2P-Bの混合6件であった. このうちプローブ型G2P-A, G2P-Bに属するNLVs遺伝子はポリメラーゼコード (POL) 領域に遺伝子変異を生じていることが考えられ, わが国で広く普及したPOL領域を増幅するプライマーペア35/36に対する特異性が低かった.<BR>NLVs遺伝子のキャプシドコード (CAP) 領域を増幅するプライマーペアG2R1/F1はGenogroup2のいずれのプローブ型についても全例検出可能であり, 同じくCAP領域を増幅するプライマーペアであるGIR1/F1を併用することで遺伝子型群別が可能であることから, RT-PCR法によるNLVs遺伝子検出にはプライマーペアGIR1/F1, G2R1/F1の併用が最も有用性が高いと考えられた.

The reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) gene assay, as well as electron microscopic examination, is commonly used to detect Norwalk-like viruses (NLVs). Types and number of primer pairs used are considered to be of critical importance for efficiency of the RT-PCR detection. This study was performed to determine primer pairs useful for the detection of NLVs.<BR>NLVs genes were detected by RT-PCR in 48 cases in Yamanashi Prefecture between December 1997 and March 2000. The probe type of the gene was G2P-C in 21, G2P-B in 10, G2P-A in 6, G1P-A in 3, G1P-B in 2, and a mixture of G2P-A and G2P-B in 6. The NLVs genes of G2P-C and G2P-B were estimated to have undergone mutation in the polymerase region and poorly specific to the primer pair 35/36, a combination that has been used most commonly for the RT-PCR assay in Japan.<BR>The primer pair G2R1/F1 that amplifies the capsid (CAP) region of NLVs genes can detect all NLVs genes of the Genogroup 2. The combination of this primer pair with another primer pair G1R1/Fl, which like G2R1/F1, amplifies the CAP region, makes discrimination between NLVs of different groups possible. Consequently, this combination, may be the most useful for the NLVs detection by RT-PCR.

Journal

  • Kansenshogaku Zasshi

    Kansenshogaku Zasshi 74(7), 567-572, 2000-07-20

    The Japanese Association for Infectious Diseases

References:  15

Cited by:  1

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    10008707340
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AN00047715
  • Text Lang
    JPN
  • Article Type
    Journal Article
  • ISSN
    03875911
  • NDL Article ID
    5418524
  • NDL Source Classification
    ZS9(科学技術--医学--病理学・微生物学・寄生虫学・感染・免疫学・血清学・アレルギー)
  • NDL Call No.
    Z19-193
  • Data Source
    CJP  CJPref  NDL  J-STAGE 
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