各種分子生物学的手法による乳児腸内細菌叢の解析 : 幼児アレルギー発症ハイリスク原因究明の大規模疫学調査にむけて  [in Japanese] Analysis of Infant Intestinal Microbiota by Various Kinds of Molecular Approaches : Toward Large Scale Epidemiological Investigations Correlating Allergy Development with Intestinal Microbiota  [in Japanese]

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Author(s)

    • 中山 二郎 NAKAYAMA Jiro
    • 九州大学大学院農学研究院生物機能科学部門 Department of Bioscience and Biotechnology, Faculty of Agriculture, Kyushu University
    • 田中 重光 TANAKA Shigemitsu
    • 九州大学大学院生物資源環境科学府生物機能科学専攻 Department of Bioscience and Biotechnology, Faculty of Bioresource and Environmental Science, Kyushu University
    • Prapa Songjinda SONGJINDA Prapa
    • 九州大学大学院生物資源環境科学府生物機能科学専攻 Department of Bioscience and Biotechnology, Faculty of Bioresource and Environmental Science, Kyushu University
    • 立山 敦 TATEYAMA Atsushi
    • 九州大学大学院生物資源環境科学府生物機能科学専攻 Department of Bioscience and Biotechnology, Faculty of Bioresource and Environmental Science, Kyushu University
    • 坪内 美樹 TSUBOUCHI Mina
    • 京都大学大学院医学研究科健康増進・行動学 Department of Health Promotion and Human Behavior, Kyoto University Graduate School of Public Health
    • 清原 千香子 KIYOHARA Chikako
    • 九州大学大学院医学研究院予防医学部門 Department of Preventive Medicine, Division of Social Medicine, Graduate School of Medical Sciences Kyushu University
    • 白川 太郎 SHIRAKAWA Taro
    • 京都大学大学院医学研究科健康増進・行動学 Department of Health Promotion and Human Behavior, Kyoto University Graduate School of Public Health
    • 園元 謙二 SONOMOTO Kenji
    • 九州大学大学院農学研究院生物機能科学部門 Department of Bioscience and Biotechnology, Faculty of Agriculture, Kyushu University

Abstract

腸内細菌叢とアレルギーとの関連性が多くの研究によって示唆されており,アレルギー罹患幼児と非罹患幼児との間では,生後すぐに始まる腸内細菌による免疫系への刺激に何らかの差があることが想定される.しかし,アレルギー疾患発症には,その他先天的要因や生活要因なども関係し,腸内細菌叢の偏倚とアレルギーとの関連性解明には大規模な疫学調査が必要である.そして,そのためには多数の糞便サンプルの菌叢を迅速・簡便かつ高精度に解析するシステムの確立が必須である.本稿では,一連の分子生物学的手法について,それぞれの長所・短所を再考し,乳幼児を対象としたアレルギーと腸内細菌叢に関する疫学調査研究に相応しい腸内細菌叢解析法を検討した.DGGE法およびT-RFLP法は優勢種の相対的存在比の情報に限られるが,フローラの全体像を迅速に把握することができ,サンプル間の菌叢比較に優れている.定量的PCR(Q-PCR)法は精度・感度において他の方法を凌駕し,DGGEやT-RFLPなどで全体像を把握した後,対象を限定し解析する場合に有効である.ランダムシーケンス法では,菌種レベルでの信頼性の高い細菌叢データを得ることができる.マイクロアレイ解析は網羅的な菌叢解析を可能にしており,今後,本分野における有効利用が期待される.<br>

There is considerable evidence that the development of intestinal microbiota in early life has a great influence on the development of the immune system, and it is important to trace changes in the intestinal microbiota of allergy patients, whose number has been increasing recently. However, since lifestyle and genetic factors also affect allergy development, a large scale epidemiological investigation is required to realize the precise correlation between allergy and intestinal microbiota. Therefore, it is indispensable to establish a high-throughput analytical system for fecal microbial composition. In this review, various kinds of molecular methods are compared with regards to fitness for the epidemiological investigation. DGGE and T-RFLP are quite efficient for a rapid diversity assessment of infant intestinal bacterial community structure even though they are limited to only dominant bacteria. Real-time quantitative PCR is promising for much more sensitive and accurate quantitation of the target bacteria. Random sequencing of 16S rDNA clone libraries allows precise identification with high accuracy and could be applied to the microbial composition analysis with a decrease in the sequencing cost. Microarray analysis allows high-throughput diversity assessment which could be applied to these kinds of epidemiological studies instead of DGGE and T-RFLP in the near future.<br>

Journal

  • Journal of Intestinal Microbiology

    Journal of Intestinal Microbiology 21(2), 129-142, 2007-04-01

    JAPAN BIFIDUS FOUNDATION

References:  26

Cited by:  2

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    10019924795
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AA11373504
  • Text Lang
    JPN
  • Article Type
    Journal Article
  • ISSN
    13430882
  • Data Source
    CJP  CJPref  J-STAGE 
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