メダカ18SrRNA遺伝子のPCRによる増幅 PCR Amplification of the Medaka 18S rRNA gene

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Abstract

真核生物のリボソーム遺伝子(rDNA)は,ゲノム内で反復配列として数百コピー存在し,核小体の中心を形成している。このDNA領域の塩基配列は分子進化学における研究対象となっている。我々の研究室で維持されている4系統の日本産メダカ(0ryzias latipes)における18S rDNA領域の構造について研究する目的で,このDNA配列をPCR法により増幅する条件について検討した。その結果得られた最適条件は,(1)鋳型DNA量;100ng,(2)プライマー濃度;0.2μM,(3)変性;94℃1分,アニーリング;60℃1.5分,伸張;72℃2分,(4)サイクル数;35,であった。この条件下で約1.8kbと比較的長いDNA鎖である18S rDNAが増幅でき,その反応液中の収量は19.5ng/μ1であった。18S rDNAの収量をさらに増加させるために,PCR産物を鋳型として再増幅することを試みた。しかし,再増幅では,1.8kb以外の長さの異なるバンドも増幅されており,有効ではないことが明らかになった。つぎに4系統のメダカ(近交系野生型クロメダカ〔HB-32C系統〕,沼津市浮島地区で採取された野生型クロメダカ〔BMT系統〕,体色に関する変異株であるヒメダカおよびアルビノ〔i/i系統〕)のゲノムDNAをもとにPCRにより18S rDNAを増幅した。その結果いづれの系統のDNAからもほぼ同量の18S rDNAが得られ,ゲノムあたりのコピー数は一定であることが示唆された。

The nuclear ribosomal genes (rDNA) in eukaryote genomes exist as multiple copies clustered at specific chromosome site(s). As the first step to investigate structure of the rDNA region in the Japanese freshwater fish medaka (Oryzias latipes), we determined conditions for PCR amplification of the 18S rDNA The results showed that the optimal conditions were (1) the amount of template DNA; 100 ng, (2) the concentration of the primers; 0.2 μM, (3) denaturation; at 94℃ for 1 min, annealing; at 60℃ for 1.5 min and elongation; at 72℃ for 2 min, and (4) the number of cycles; 35. Under these conditions, a relatively long DNA fragment of 18S rDNA could be amplified successfully. Its yield after amplification was 19.5 ng/μl. To increase the yield, re-amplification of the 18S rDNA was performed but it was found to be unsuitable because aberrant DNA fragments were produced in addition to the 18S rDNA When genomic DNAs from four different strains of the medaka were used as the templates, similar amounts of the 18S rDNA were amplified from all four DNAs suggesting that they contained the same number of repeating units in their genomes.

Journal

  • The Bulletin of School of High-technology for Human Welfare,Tokai University

    The Bulletin of School of High-technology for Human Welfare,Tokai University (9), 213-222, 1999

    Tokai University

Cited by:  1

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    110000961205
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AN10381815
  • Text Lang
    ENG
  • Article Type
    Journal Article
  • Journal Type
    大学紀要
  • ISSN
    09177612
  • NDL Article ID
    5305013
  • NDL Source Classification
    ZM2(科学技術--科学技術一般--大学・研究所・学会紀要)
  • NDL Call No.
    Z14-1934
  • Data Source
    CJPref  NDL  NII-ELS 
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