分子動力学法プログラムAMBERとBarnes - Hut tree codeの並列化による高速化 Parallelization and Performance Evaluation of MD Program AMBER and Barnes - Hut Tree Code

この論文にアクセスする

この論文をさがす

著者

抄録

分子動力学シミュレーションのプログラムAMBERとBarnes-Hutのtree codeとを 分散メモリ型並列計算機SR2201上でMPI通信ライブラリを使って並列化し実行スピードの評価を行った. まず AMBERについては 我々が作成した通信関数を使うことによって台数効果が改善され AMBERのホームページ(1998年2月)で公表されている速度に比べて24倍のスピードに加速することができた(256PUsで75倍). また Barnes-Hut tree codeの実行速度は 木構造の構築を独自の手法によって並列化することによって 目覚ましい台数効果(256PUsで189倍)を達成することができた. さらに この並列化Barnes-Hut tree codeを利用することによって AMBERの電荷分布に対するクーロン力を 高速に計算できることを実証した. また 並列化したAMBERとBarnes-Hut tree codeは 技術研究組合新情報処理開発機構で開発されたPCクラスタ(Pentium Pro 200 MHz 64PUs NetBSD)上でも 良好な加速性能を示した(それぞれ 64PUsで16倍と30倍).We parallelized molecular dynamics (MD) simulation program AMBER and Barnes-Hut tree code using the MPI library and evaluated those performance on SR2201. The speed of AMBER was remarkably increased by our improvements compared with the performance data of AMBER home page. On the other hand, the speed of Barnes-Hut tree code was also accelerated by our parallelization approach on SR2201 (189 times faster for 256PUs). We demonstrated that Coulomb interactions of a protein in water were efficiently calculated by the parallelized Barnes-Hut tree code. In addition, the parallelized AMBER and Barnes-Hut tree code showed the good acceleration on our PC cluster (Pentium Pro 200 MHz, 64 PUs, NetBSD) (16 and 30 times faster than 1 PU for 64 PUs, respectively).

We parallelized molecular dynamics (MD) simulation program AMBER and Barnes-Hut tree code using the MPI library and evaluated those performance on SR2201. The speed of AMBER was remarkably increased by our improvements compared with the performance data of AMBER home page. On the other hand, the speed of Barnes-Hut tree code was also accelerated by our parallelization approach on SR2201 (189 times faster for 256PUs). We demonstrated that Coulomb interactions of a protein in water were efficiently calculated by the parallelized Barnes-Hut tree code. In addition, the parallelized AMBER and Barnes-Hut tree code showed the good acceleration on our PC cluster (Pentium Pro 200 MHz, 64 PUs, NetBSD) (16 and 30 times faster than 1 PU for 64 PUs, respectively).

収録刊行物

  • 情報処理学会論文誌

    情報処理学会論文誌 40(5), 2142-2151, 1999-05-15

    一般社団法人情報処理学会

参考文献:  10件中 1-10件 を表示

被引用文献:  3件中 1-3件 を表示

各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    110002724960
  • NII書誌ID(NCID)
    AN00116647
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    Journal Article
  • ISSN
    1882-7764
  • NDL 記事登録ID
    4725483
  • NDL 雑誌分類
    ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL 請求記号
    Z14-741
  • データ提供元
    CJP書誌  CJP引用  NDL  NII-ELS  IPSJ 
ページトップへ