分子動力学法プログラムAMBERとBarnes - Hut tree codeの並列化と性能評価 Paralelization and Performace Evaluation of MD Program AMBER and Barnes - Hut Tree Code

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抄録

分子動力学シミュレーションのプログラムAMBERとBunes?Hutのtree codeとを、分散メモリ型並列計算機SR2201上でMPI通信ライブラリを使って並列化し実行スピードの評価を行った。AMBERの実行速度は、AMBERのホームページで公表されている速度に比べて飛躍的に向上した。また、Barnes?HUt tree codeの実行速度は、独自の並列化手法によって目覚ましく加速した (28PUsで116倍、256PUsで170倍)。We parallelized MD program AMBER and Barnes-Hut tree code using the MPI library and evaluated those performance data on SR2201. The speed of AMBER was remarkably increased by our improvements compared with the performance data of AMBER homepage. On the other hand, the speed of Barnes-Hut tree code was also accelelated by our parallelization approach on SR2201 (116 and 170 times faster for 128 and 256 PUs, respectively).

We parallelized MD program AMBER and Barnes-Hut tree code using the MPI library and evaluated those performance data on SR2201. The speed of AMBER was remarkably increased by our improvements compared with the performance data of AMBER home page. On the other hand, the speed of Barnes-Hut tree code was also accelelated by our parallelization approach on SR2201 (116 and 170 times faster for 128 and 256 PUs, respectively).

収録刊行物

  • 情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC)

    情報処理学会研究報告ハイパフォーマンスコンピューティング(HPC) 1997(121(1997-HPC-069)), 61-66, 1997-12-12

    一般社団法人情報処理学会

参考文献:  8件中 1-8件 を表示

各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    110002932069
  • NII書誌ID(NCID)
    AN10463942
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    Technical Report
  • データ提供元
    CJP書誌  NII-ELS  IPSJ 
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