GCコンテントの一次元分布情報を用いた一分子DNAの解析  [in Japanese] Single molecular analysis of DNA with one-dimensional distribution of local GC content  [in Japanese]

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Author(s)

    • 杉浦 忠男 SUGIURA Tadao
    • 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻 Department of Bioinformatics and Genomics, Nara Institute of Science and Technology
    • 長屋 岳志 NAGAYA Takeshi
    • 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻 Department of Bioinformatics and Genomics, Nara Institute of Science and Technology
    • 佐藤 哲大 [他] SATO Tetsuo
    • 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻 Department of Bioinformatics and Genomics, Nara Institute of Science and Technology
    • 湊 小太郎 MINATO Kotaro
    • 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 情報生命科学専攻 Department of Bioinformatics and Genomics, Nara Institute of Science and Technology

Abstract

ゲノムDNA上ではGCコンテントの分布は一様ではない。このことを利用すれば一分子イメージングしたDNAを識別できると考えられる。そこで我々はガラス基板上にDNAを伸張固定してGC特異的に蛍光染色し、エバネッセント顕微鏡を用いてDNAを一分子イメージングすることでDNAのGCコンテントの一次元分布を計測でき、その結果がゲノムデータベースからの予測とよく一致することを確認した。

GC content on genome DNA is not uniform. By use of this feature we can analyze and identify single molecular DNA with one-dimensional distribution of local GC content. We propose a method to analyze single molecular DNA with single molecular imaging by evanescent field microscope and to identify the DNA by comparing measured results of one dimensional distribution of local GC content to estimation from genome database. We have performed the method and have confirmed good correspondence with each other.

Journal

  • IPSJ SIG technical reports

    IPSJ SIG technical reports 4, 25-32, 2006-02-09

    Information Processing Society of Japan (IPSJ)

References:  4

Cited by:  1

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    110004710242
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AA12055912
  • Text Lang
    JPN
  • Article Type
    Journal Article
  • ISSN
    09196072
  • NDL Article ID
    7841123
  • NDL Source Classification
    ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL Call No.
    Z14-1121
  • Data Source
    CJP  CJPref  NDL  NII-ELS 
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