DNA配列決定における MAX-MIN Ant System の適用とその改良  [in Japanese] Applying the MAX-MIN Ant System to the DNA Sequencing and Its Improvement  [in Japanese]

Author(s)

    • 越野 亮 KOSHINO Makoto
    • 石川工業高等専門学校電子情報工学科 Department of Electronics and Information Engineering, Ishikawa National College of Technology
    • 大谷 隆浩 OTANI Takahiro
    • 石川工業高等専門学校電子情報工学科 Department of Electronics and Information Engineering, Ishikawa National College of Technology
    • 白山 政敏 SHIRAYAMA Masatoshi
    • 石川工業高等専門学校電子情報工学科 Department of Electronics and Information Engineering, Ishikawa National College of Technology

Abstract

本論文では,ハイブリッド形成によるDNA配列決定(Sequencing by Hybridization:SBH)において,アントコロニー最適化を適用した結果を示す.SBHとは,DNAチップを使用して得られる部分配列の有無の情報により,未知のDNA配列を決定する手法である.これまでに,タブーサーチやハイブリッド遺伝的アルゴリズムを用いた手法,そしてタブーサーチと散布探索を組み合わせた手法が提案されている.しかし,これらの手法にはDNA配列長が長くなると配列決定の精度が大幅に低下する問題がある.本研究では,この問題を解消するために,最近注目されているメタヒューリスティック手法であるアントコロニー最適化を適用した.そして性能評価実験の結果,従来手法と比べ,大幅な精度向上を実現できたことを示す.

Journal

  • The IEICE transactions on information and systems

    The IEICE transactions on information and systems 89(5), 911-918, 2006-05-01

    The Institute of Electronics, Information and Communication Engineers

References:  15

Cited by:  1

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    110007380465
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AA12099634
  • Text Lang
    JPN
  • Article Type
    Journal Article
  • ISSN
    18804535
  • NDL Article ID
    7954032
  • NDL Source Classification
    ZN33(科学技術--電気工学・電気機械工業--電子工学・電気通信)
  • NDL Call No.
    Z16-779
  • Data Source
    CJP  CJPref  NDL  NII-ELS 
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