MTRAP法による配列アライメント精度の改善 Improvement in accuracy of sequence alignment by the MTRAP algorithm

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Abstract

アミノ酸配列のアライメントはライフサイエンスにおける特に重要な研究テーマの一つである.最適アライメントを求めるにあたり,ここには計算量の面での難しさに加え最適な目的関数とは何かといった大変難しい問題が存在する.本講演では,新たに導入した配列間尺度を用いるアライメント法「MTRAP」について説明する(MTRAP:Pairwise sequence alignment algorithm by a new measure based on transition probability between two consecutive pairs of residues, to appear).PREFAB4およびHOMSTRAD構造アライメントデータベースを用いたアライメント精度の検証の結果,この新たなMTRAP法は高精度でアライメントを行うことができる.特に配列一致率の低い進化的に離れた配列のアライメントに対して,一般的なアライメントソフトであるNeedle, ClustalW2と比べ高い精度を持っている.

Sequence alignment is one of the most important techniques in study of life science. However it is still a difficult computational problem because of not only computational complexity but also unsatisfactory objective functions for measuring alignment. In this talk, we discuss a novel sequence alignment algorithm called MTRAP, by introducing a new metric defined on compound systems of two sequences. In the accuracy benchmark tests by PREFAB4 and HOMSTRAD, our alignment method gives higher accuracy than usual methods such as Needle and ClustalW2.

Journal

  • IEICE technical report

    IEICE technical report 109(357), 99-104, 2009-12-31

    The Institute of Electronics, Information and Communication Engineers

References:  16

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    110008000419
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AN10013083
  • Text Lang
    ENG
  • Article Type
    ART
  • ISSN
    09135685
  • NDL Article ID
    10556468
  • NDL Source Classification
    ZN33(科学技術--電気工学・電気機械工業--電子工学・電気通信)
  • NDL Call No.
    Z16-940
  • Data Source
    CJP  NDL  NII-ELS 
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