近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングによる塩基配列構造情報の有向非循環グラフ表現

• 上田 大介

• 瀬尾 茂人

• 竹中 要一

• 松田 秀雄

書誌事項

タイトル別名

• Direct Acyclic Graph for Sequence Structures from Short Read Clustering with Neighboring Reads

抄録

本研究では高速シーケンサが出力するショートリードを用いて DNA 塩基配列構造の有向非循環グラフ表現を提案する．解析対象となる DNA を断片的に読み取ったショートリードはサンプル特有の塩基配列構造情報を内在している．それらを抽出するためにショートリードクラスタリングが行われるが，従来のクラスタの表示法では構造情報の抽出が難しい．そこで我々は近隣リードを考慮したショートリードクラスタリングを行い，クラスタを有向非循環グラフで表現することで，構造情報の効果的な抽出を目指す．We propose a method to describe DNA sequence structures as direct acyclic graphs from short reads generated by high-throughput sequencer. The sequenced DNA fragments are called the short reads and they inherent sequence structures. Although short read clustering has developed to extract the sequence structures, current description of the clusters is less applicable to it. Therefore we first operate clustering with neighboring reads, and convert the clusters into direct acyclic graph in order to achieve effective extraction of sequence structures.

収録刊行物

• 研究報告数理モデル化と問題解決（MPS）

  研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 2012 (27), 1-2, 2012-02-23

詳細情報

• CRID: 1571698601997624448
• NII論文ID: 110008791157
• NII書誌ID: AN10505667
• 本文言語コード: ja
• データソース種別:
  • CiNii Articles