難培養性細菌種のゲノム完全長配列取得による機能解明  [in Japanese] Functional analysis of uncultured bacterial species by acquiring their complete genome sequences  [in Japanese]

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Author(s)

    • 本郷 裕一 Hongoh Yuichi
    • 東京工業大学大学院生命理工学研究科 Department of Biological Sciences, Tokyo Institute of Technology

Abstract

環境中の大部分の微生物種は難培養性であり,それらの生理・生態は未知である。そうした難培養微生物種の機能を解明するために,少数の細胞からのゲノム完全長配列解析系の確立を試みた。標的としたのは,シロアリ腸内共生原生生物の細胞内に,さらに共生する培養不能細菌2種(Rs-D17, CfPt1-2)である。各々の宿主原生生物種の1細胞を単離し,細胞内共生細菌を数百個漏出させて回収した。それら細菌細胞をアルカリで溶解・変性して,Phi29 DNA polymeraseで等温全ゲノム増幅を行った。その結果,共に1.1Mbの完全長の環状染色体配列再構築に成功した。これらの全代謝系を予測したところ,宿主原生生物によるリグノセルロース分解の産物を炭素とエネルギー源とする,多様なアミノ酸やビタミン類の合成に特化した,オルガネラのような進化を遂げてきた細菌であることが判明した。特に,CfPt1-2は空中窒素を固定する能力を持つことが初めて明らかとなった。今後は,同手法を進化させ,単一の微生物細胞から全ゲノム配列を解読する,シングルセル・ゲノミクスの確立が期待される。

Journal

  • Soil Microorganisms

    Soil Microorganisms 64(2), 77-80, 2010

    Japanese Society of Soil Microbiology

References:  17

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    110009468722
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AN00352796
  • Text Lang
    JPN
  • Article Type
    REV
  • ISSN
    0912-2184
  • NDL Article ID
    10858396
  • NDL Source Classification
    ZR5(科学技術--生物学--菌類・微生物)
  • NDL Call No.
    Z18-1873
  • Data Source
    CJP  NDL  NII-ELS  J-STAGE  JASI 
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