メモリ効率の良い<i>de novo</i>アセンブリアルゴリズム A Memory Efficient Short Read <i>De Novo</i> Assembly Algorithm

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抄録

本論文では,次世代シーケンサから得られた大量のデータに対して,大規模なゲノムのアセンブリが可能となるように,消費メモリ量の少ない de novo アセンブリアルゴリズムを提案する.実験では,E. coli K-12 strain MG1655 及びヒトの 14 番染色体から得られたリードに対してアセンブリを行った.その結果,本手法は E. coli に対しては従来手法の約 20%,ヒト 14 番染色体に対しては他手法の約 60% の消費メモリ量で de novo アセンブリが可能であることを確認した.In this paper, we propose an algorithm for de novo assembly with lower memory. In our experiments using the E. coli K-12 strain MG 1655, the average maximum memory consumption of the proposed method was approximately 20% of that of the popular assemblers. Moreover, in the experiments using human chromosome 14, the average amount of memory of our method was approximately 60% of that of the popular assemblers.

In this paper, we propose an algorithm for de novo assembly with lower memory. In our experiments using the E. coli K-12 strain MG 1655, the average maximum memory consumption of the proposed method was approximately 20% of that of the popular assemblers. Moreover, in the experiments using human chromosome 14, the average amount of memory of our method was approximately 60% of that of the popular assemblers.

収録刊行物

  • 研究報告バイオ情報学(BIO)

    研究報告バイオ情報学(BIO) 2015-BIO-41(6), 1-6, 2015-03-13

    一般社団法人情報処理学会

各種コード

  • NII論文ID(NAID)
    110009884011
  • NII書誌ID(NCID)
    AA12055912
  • 本文言語コード
    JPN
  • 資料種別
    Technical Report
  • ISSN
    09196072
  • データ提供元
    NII-ELS  IPSJ 
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