高次元アルゴリズム (HA : Hamiltonian Algorithm) を用いた Enkephalin の立体構造の分子動力学的研究 : HAに現れる mixing 係数の効果  [in Japanese] Conformation Analysis of Enkephalin Using Hamiltonian Algorithm : Effect of Mixing Coefficient in HA  [in Japanese]

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Author(s)

    • 渡邊 寿雄 [他] WATANABE Toshio
    • 産業技術総合研究所計算科学研究部門 Research Institute for Computational Science, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
    • 石元 孝佳 ISHIMOTO Takayoshi
    • 産業技術総合研究所計算科学研究部門 Research Institute for Computational Science, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
    • 長嶋 雲兵 NAGASHIMA Umpei
    • 産業技術総合研究所計算科学研究部門 Research Institute for Computational Science, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Abstract

タンパク質の折れ畳み過程や構造をシミュレーションする手法である分子動力学法をより効率よく行うために生体分子の分子動力学シミュレーションプログラム:PEACHに高次元アルゴリズム(HA: Hamiltonian Algorithm)を組み込み、従来の分子動力学法との差異を比較検討した。Leu-EnkephalinとMet-Enkephalinの二種類のタンパク質を計算対象とした。HAを用いると従来法のエネルギー分布よりも低いエネルギー値を多く取ることが観測され、探索空間が広がっている事が判った。

In order to execute molecular dynamics (MD) simulation for the holding process and native structure of proteins efficiently, Hamiltonian algorithm (HA) was equipped to an MD program: PEACH. The difference between the conventional method and HA is evaluated using Leu-Enkephalin and Met-Enkephalin. HA was efficient for sampling a wide area of geometrical space because many low energy conformations were observed along trajectories of HA.

Journal

  • Journal of Computer Chemistry, Japan

    Journal of Computer Chemistry, Japan 6(5), 275-282, 2007-12-15

    Society of Computer Chemistry, Japan

References:  13

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    130000056887
  • NII NACSIS-CAT ID (NCID)
    AA11657986
  • Text Lang
    JPN
  • Article Type
    ART
  • ISSN
    13471767
  • NDL Article ID
    9316126
  • NDL Source Classification
    ZP1(科学技術--化学・化学工業) // ZM13(科学技術--科学技術一般--データ処理・計算機)
  • NDL Call No.
    Z74-C857
  • Data Source
    CJP  NDL  J-STAGE 
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