<b>次世代シーケンサーデータの解析手法 第2 回GUI 環境からコマンドライン環境へ </b>  [in Japanese] <b>Methods for analyzing next-generation sequencing data II. From graphical user interface to command line interface</b>  [in Japanese]

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Author(s)

    • 孫 建強 Sun Jianqiang
    • 東京大学大学院農学生命科 学研究科応用生命工学専攻 Department of Biotechnology Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo,
    • 湯 敏 Tang Min
    • 東京大学大学院農学生命科 学研究科応用生命工学専攻 Department of Biotechnology Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo,
    • 西岡 輔 Nishioka Tasuku
    • 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット Agricultural Bioinformatics Research Unit Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo.
    • 清水 謙多郎 Shimizu Kentaro
    • 東京大学大学院農学生命科 学研究科応用生命工学専攻|東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット Department of Biotechnology Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo,|Agricultural Bioinformatics Research Unit Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo.
    • 門田 幸二 Kadota Koji
    • 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット Agricultural Bioinformatics Research Unit Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo.

Abstract

実験系研究者が普段利用するWindows やMacintosh のPC 環境はGUI 環境と呼ばれ、マウス操作などで直観的な利用が可能である。一方、バイオインフォマティクス系研究者が普段利用するデータ解析環境は、コマンドライン環境である。次世代シーケンサー(以下、NGS)データ解析用プログラムの多くはLinux 上で動作し、コマンドライン環境での利用を想定している。それゆえ、コマンドライン環境に慣れ、基本的なコマンドを使いこなせるようになることがNGS データを自在に解析するための前提条件といえる。連載第2 回では、Windows およびMacintosh 付属のコマンドライン環境(コマンドプロンプトおよびターミナル)での基本的な操作をGUI 環境と対比させながら示し、最低限必要だと思われるコマンドや概念を解説する。前回同様、ウェブサイト(R で)塩基配列解析(URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html)中に本連載で述べるリンク先を掲載してあるので効率的に活用してほしい。

Graphical user interface (GUI) is useful to perform general tasks. Analysis of next-generation sequencing (NGS) data is, however, non-trivial tasks. Many methods dedicated to NGS data have been implemented on Linux system thatprovides a command line interface (CLI) as an analysis environment. Therefore, it is desirable for researchers to analyze NGS data on Linux system. We here show the CLIs on Windows (i.e., Command prompts) and Macintosh (i.e., Terminal) systems in contrast with those GUIs. We also describe some basic commands such as "dir" and "ls."

Journal

  • Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria

    Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria 25(3), 166-174, 2014

    Japan Society for Lactic Acid Bacteria

Codes

  • NII Article ID (NAID)
    130004850500
  • Text Lang
    JPN
  • ISSN
    1343-327X
  • Data Source
    J-STAGE 
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