カノニカル分子軌道計算に基づく線形回帰法を用いたタンパク質原子電荷の開発

• 金 泰煥

  東京大学大学院　工学系研究科

• 平野 敏行

  東京大学生産技術研究所　機械・生体系部門

• 佐藤 文俊

  東京大学生産技術研究所革新的シミュレーション研究センター

書誌事項

タイトル別名

• Development of atomic charges for proteins by using the linear regression method based on canonical molecular orbital calculation
• カノニカル ブンシ キドウ ケイサン ニ モトズク センケイ カイキホウ オ モチイタ タンパクシツ ゲンシ デンカ ノ カイハツ

抄録

RESP 電荷は分子の静電ポテンシャル（ESP）を再現する目的で提案され，現在広く分子力場や分子動力学計算に使われている．タンパク質RESP 電荷は計算サイズの問題により，アミノ酸残基毎にパラメータ化されたRESP 電荷を繋ぎ合わせたものを代用している．本研究は，タンパク質全体のカノニカル分子軌道計算に基づき，タンパク質本来のESP をよく再現する原子電荷計算法を開発し，原子電荷の高品位化を行った．定義に従ったRESP 電荷をはじめ，線形回帰法を原子電荷モデルに適用することで，ESP を高精度に再現する性質を保ちつつ様々な特徴を持つ，タンパク質の新たな原子電荷を作成することができた．

収録刊行物

• 生産研究

  生産研究 68 (3), 213-217, 2016

  東京大学生産技術研究所

詳細情報

• CRID: 1390001204062574720
• NII論文ID: 130005153090
• NII書誌ID: AN00127075
• DOI: 10.11188/seisankenkyu.68.213
• ISSN: 18812058
• ISSN: 0037105X
• NDL書誌ID: 027482104
• Web Site: https://ndlsearch.ndl.go.jp/books/R000000004-I027482104
• 本文言語コード: en
• データソース種別:
  • JaLC
  • NDL
  • CiNii Articles
  • KAKEN
• 抄録ライセンスフラグ: 使用不可