プロテオミクスデータの細胞生物学的な検証法  [in Japanese] Cellular Biological Validations of Proteomics Data  [in Japanese]

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Author(s)

    • 小林 大樹 Kobayashi Daiki
    • 熊本大学大学院生命科学研究部腫瘍医学分野 Department of Tumor Genetics and Biology, Graduate School of Medical Sciences, Kumamoto University
    • 荒木 令江 Araki Norie
    • 熊本大学大学院生命科学研究部腫瘍医学分野 Department of Tumor Genetics and Biology, Graduate School of Medical Sciences, Kumamoto University

Abstract

<p>プロテオミクスデータに基づいて抽出した生物学的に意義のある新規候補分子群に対して,どのような生物学的役割を果たすのか検証することが最終的に求められる.siRNA/shRNAや低分子化合物などによる分子機能阻害,および発現プラスミドによる分子の過剰発現によって生じる細胞の表現型を,顕微鏡観察や各種アッセイ系によって評価していくことが,一般的な細胞生物学的検証法として挙げられる.しかしながら,細胞生物学的実験手法は候補分子によって様々であることから,実はプロテオーム解析よりも時間がかかるステップとなっている.したがって,プロテオミクスデータに即して細胞生物学的な検証を円滑に進めていくには,プロテオーム解析に用いたサンプルの調製と前処理,質量分析などのプロテオーム解析手法は勿論のこと,in-silicoのGene Ontology解析や分子ネットワーク解析によって新規分子群を抽出する過程が大変重要となってくる.本内容では神経系腫瘍の解析を通じて,我々がいかにしてプロテオミクスデータで同定された新規候補分子群を細胞生物学的に検証したのか報告する.</p>

<p>Cellular biological validations of novel candidate molecules which are extracted from proteomics data are needed to uncover their functions. For examples, the molecules are inhibited or activated to validate their biological functions by using siRNA/shRNA, antibodies, chemical compounds, or expression plasmids, followed by the observations with microscope and analyses using the various assay systems. However, it takes much effort to biologically validate the candidate molecules because the approaches depend on their various functions. Therefore, the precise processes to extract the novel molecules of biological interest using the gene ontology or network analyses, as well as the strict sample preparations and the reliable proteome data, need to facilitate their validations. In this paper, we explained how the novel candidates of interest, especially related to the neurofibromatosis type I (NF1) pathogenesis, were validated biologically.</p>

Journal

  • Proteome Letters

    Proteome Letters 1(1), 37-43, 2016

    Japanese Proteomics Society

Codes

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