どのデータベースを使うか～データベース検索と配列解析・誤解と難題～

DOI
  • 吉沢 明康
    京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

書誌事項

タイトル別名
  • Which Database to Use?—Confusions and Puzzles in Database Search and Sequence Analysis—

抄録

<p>質量分析法によるプロテオミクス解析では，他のオミックス科学と同様，データのコンピュータ解析の過程が必須である．しかしゲノム科学やトランスクリプトーム解析に比べれば，質量分析法やプロテオミクスのためのバイオインフォマティクス，或いは解析手法・ソフトウェアは未だ発展途上であり，未解決の問題が多数残されている．更に，この状況に起因する多くの誤解や，特に実験系の研究者には扱いにくい技術的な問題も生じている．本稿ではこれらの問題を踏まえて，タンパク質の同定過程，特にデータベース検索法とそれに関連する基本的な事項について，プロテオミクス初心者を念頭に解説する．具体的には，de novoシークエンシング法とデータベース検索法の対比，PTM探知のための手法が検索結果に及ぼす影響，生命科学データベースの概観とデータベース解析への応用上での要注意点などについて述べる．</p>

収録刊行物

キーワード

詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390282681206261120
  • NII論文ID
    130006743377
  • DOI
    10.14889/jpros.1.2_63
  • ISSN
    24322776
  • 本文言語コード
    ja
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

問題の指摘

ページトップへ