植物遺伝子の串刺しDB、SABRE (Systematic consolidation of Arabidoposis and other Botanical REsource)

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タイトル別名
  • SABRE (Systematic consolidation of Arabidoposis and other Botanical REsource): connecting plant cDNA resources with genomic information of Arabidopsis

抄録

シロイヌナズナでは、ゲノム配列や遺伝子などの情報がTAIR (The Arabidoposis Information Resource)データベースにまとめられている。SABRE (http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre7/SABRE0101.cgi) では、このTAIRの遺伝子配列データを「串」にして、類似の配列を持つ植物の遺伝子リソース（シロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ、タバコの培養細胞、ポプラ）を、遺伝子ごとに「串刺し」にしてある。そのためBRCリソース番号、AGIコードや遺伝子名などのキーワードを用いることで、検索条件に合致したリソース、それと相同な遺伝子配列を持つTAIRの遺伝子とアノテーション、さらには他の種由来の相同なリソースを、瞬時に検索することができる。<br>植物遺伝子の機能解析は、主としてモデル植物であるシロイヌナズナを用いて進められてきており、それらの研究成果もまたTAIRに集約されている。SABREは、TAIRの情報をBRCのリソースデータベースと統合することにより、シロイヌナズナで得られた機能解析の知見を他の植物の研究者にも活用しやすくしたものである。今後はSABREにキャッサバや白菜などの作物遺伝子の情報を取り込み、モデル植物研究と作物の品種改良研究の間の垣根を取り払い、作物の品種改良に貢献できるツールとして発展させていく予定である。

収録刊行物

詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390282680607535232
  • NII論文ID
    130006991729
  • DOI
    10.14841/jspp.2008.0.0986.0
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

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