植物遺伝子の串刺しDB、SABRE (Systematic consolidation of Arabidoposis and other Botanical REsource) SABRE (Systematic consolidation of Arabidoposis and other Botanical REsource): connecting plant cDNA resources with genomic information of Arabidopsis

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Abstract

シロイヌナズナでは、ゲノム配列や遺伝子などの情報がTAIR (The Arabidoposis Information Resource)データベースにまとめられている。SABRE (http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre7/SABRE0101.cgi) では、このTAIRの遺伝子配列データを「串」にして、類似の配列を持つ植物の遺伝子リソース(シロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ、タバコの培養細胞、ポプラ)を、遺伝子ごとに「串刺し」にしてある。そのためBRCリソース番号、AGIコードや遺伝子名などのキーワードを用いることで、検索条件に合致したリソース、それと相同な遺伝子配列を持つTAIRの遺伝子とアノテーション、さらには他の種由来の相同なリソースを、瞬時に検索することができる。<br>植物遺伝子の機能解析は、主としてモデル植物であるシロイヌナズナを用いて進められてきており、それらの研究成果もまたTAIRに集約されている。SABREは、TAIRの情報をBRCのリソースデータベースと統合することにより、シロイヌナズナで得られた機能解析の知見を他の植物の研究者にも活用しやすくしたものである。今後はSABREにキャッサバや白菜などの作物遺伝子の情報を取り込み、モデル植物研究と作物の品種改良研究の間の垣根を取り払い、作物の品種改良に貢献できるツールとして発展させていく予定である。

The SABRE DB (http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre7/SABRE0101.cgi) provides organized information about plant resources of RIKEN BRC. In SABRE, the BRC plant gene resources (derived from Arabidopsis, <I>Physcomitrella patens</I>, poplar and tobacco) are related with the TAIR (The Arabidoposis Information Resource) gene models and their annotations through their sequence similarities. By specifying a BRC resource number, a gene name or a keyword, corresponding TAIR cDNAs and annotations are searched together with their related BRC resources from various plant species.<br>Arabidopsis thaliana is "the model plant of model plants": it is most investigated and the accumulation of its biological knowledge is outstanding. SABRE facilitates to use the knowledge for experimental study of other plant species than Arabidopsis.<br>We are going to integrate resource information of cassava, Chinese cabbages, and other crops outside BRC into SABRE, to develop it as a tool to contribute to the breed improvement of important crops in agriculture.

Journal

  • Plant and Cell Physiology Supplement

    Plant and Cell Physiology Supplement 2008(0), 0986-0986, 2008

    The Japanese Society of Plant Physiologists

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