ポプラ完全長cDNAの大規模収集 A Collection of Poplar Full-Length cDNAs

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Abstract

樹木の機能ゲノム学的研究の一環として,我々はポプラ完全長cDNAの収集を進めており,2004年に各種環境ストレス処理を行ったセイヨウハコヤナギ(<I>Populus nigra</I> var. <I>italica</I>)組織培養体由来のクローンを数千種報告した。今回,セイヨウハコヤナギ野外木の各器官や,乾燥,高塩濃度や低温等のストレス処理を行ったサンプルを用いて完全長cDNAライブラリーを作製し,新たに2万クローンの末端塩基配列情報(EST)を収集した。これらのESTに既報のEST数千種を合わせてクラスタリングを行い,合計約13,000種のクローンを同定した。これは,ポプラの予測遺伝子総数の約30%に相当し,発現遺伝子のリソースとして樹木のポストゲノム研究にインパクトを与えるものである。本発表では,ポプラ完全長クローンの情報をもとに,ポプラとモデル草本植物の相同性及び特異性について比較ゲノム学的見地から考察する。

We have been collecting poplar full-length cDNAs. In 2004, we reported several thousands of clones from leaves of axenically grown poplar (<I>Populus nigra</I> var. <I>italica</I>) subjected to environmental abiotic stress treatments. The population of <I>P. nigra</I> expressed sequence tags (ESTs) has grown ever since, resulting in more than 13,000 non-redundant clones which originate from various organs of a field-grown stand and stress-treated <I>in vitro</I> leaves. Our poplar full-length cDNAs represent about 30% of the whole population of genes estimated in <I>Populus</I>. We will discuss similarity and specificity between trees and herbaceous model plants in the light of comparative genomics.

Journal

  • Plant and Cell Physiology Supplement

    Plant and Cell Physiology Supplement 2006(0), 876-876, 2006

    The Japanese Society of Plant Physiologists

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