Visualization of Spatiotemporal Biosystems Dynamics Information

DOI Web Site Web Site 1 References
  • KYODA Koji
    理化学研究所生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム
  • H.L. HO Kenneth
    理化学研究所生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム
  • ITOGA Hiroya
    理化学研究所生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム
  • TOHSATO Yukako
    立命館大学 情報理工学部 情報理工学科
  • ONAMI Shuichi
    理化学研究所生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム

Bibliographic Information

Other Title
  • 生命現象の時空間動態情報の可視化
  • セイメイ ゲンショウ ノ ジクウカン ドウタイ ジョウホウ ノ カシカ

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Abstract

<p>Recent progress in bioimage informatics techniques enables us to extract quantitative biological dynamics data from microscopy images. Visualization of spatiotemporal dynamics of biological objects such as molecules, organelle, and cells provide us an opportunity to gain new insights into biological systems. In this paper, we first report an open format that we developed, named BDML (Biological Dynamics Markup Language), for representing spatiotemporal dynamics of biological objects ranging from molecules, cells, and organisms. We next report our current status of visualization of quantitative biological dynamics data based on BDML and beyond. Lastly, we discuss expected contribution and future direction of visualization studies to the field of bioimage informatics.</p>

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