Amberによる生体高分子シミュレーション入門
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Amberによる生体高分子シミュレーション入門
サイエンスハウス, 2011.6
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Amber ニヨル セイタイ コウブンシ シミュレーション ニュウモン
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Okayama University Institute of Plant Science and Resources Branch Library植物研図
157/1192205000221160
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執筆者: 渡辺博文, 栗崎以久男, 佐々和洋, 林治尚, 中村卓
Description and Table of Contents
Table of Contents
- １ 分子動力学法の原理と生体高分子用分子動力学シミュレーションパッケージＡｍｂｅｒの概説（分子動力学法とは？；分子動力学シミュレーションはどのような原理に基づいているか—ニュートンの運動方程式；原子どうしに働く力はどう決まっているか—力場 ほか）
- ２ Ａｍｂｅｒで生体高分子のシミュレーションを行う—Ａｍｂｅｒチュートリアル（まずはＡｍｂｅｒを使ってみる—インスタントプロトコル；核酸のモデリングとシミュレーション—ｎｕｃｇｅｎとｘｌｅａｐを使って；Ａｍｂｅｒで用意されていない分子の残基表現ファイルを作成する—ａｎｔｅｃｈａｍｂｅｒの使い方 ほか）
- ３ Ｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙ Ａｓｋｅｄ Ｑｕｅｓｔｉｏｎｓ（ＦＡＱ）（力場パラメーターの設定に関して；ＰＤＢファイルの読み込みに関わるトラブルについて；トラジェクトリーファイルの解析について ほか）
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