舟橋 啓 FUNAHASHI Akira

ID:1000070324548

慶應義塾大学大学院理工学研究科 Graduate School of Science and Technology, Keio University (2015年 CiNii収録論文より)

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Articles:  1-20 of 72

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  • Reconstitution of Developmental Dynamics of Mammalian Embryogenesis from 3D Confocal Microscope Images  [in Japanese]

    KOBAYASHI Tetsuya , OZEKI Mitsunori , YAMAGATA Kazuo , Funahashi Akira

    哺乳類着床前胚の発生過程に関する情報を経時的な顕微鏡観察画像から得ることは,近年基礎生物学のみならず生殖補助医療などでも重要な課題となっている.本研究では,細胞の移動・増殖などで形成される細胞系譜の情報をバイオイメージングデータから画像解析を用いて抽出する研究について概説し,整数計画法を用いたマウス着床前胚の発生細胞系譜の追跡についての我々の結果を報告する.

    IEICE technical report. 114(482), 1-6, 2015-03-02

  • Bioimage Analysis for Quantitative Biology and Its Application to Mammalian Embryogenesis  [in Japanese]

    KOBAYASHI Tetsuya J. , BASHAR Md. Khayrul , FUNAHASHI Akira , FUJIMORI Toshihiko , YAMAGATA Kazuo

    バイオイメージング技術の発展と普及とともに,顕微鏡イメージから生命システムの動態に関する情報を定量的に取得する方法としてバイオ画像解析技術は大きく注目されている.本稿では,イメージングデータへの画像解析の応用事例について概説するとともに,哺乳類着床前胚の発生動態と細胞系譜の再構成を目的とするわれわれの研究の進展について紹介する.

    Medical Imaging Technology 33(3), 84-89, 2015

    J-STAGE  Ichushi Web 

  • A good similarity of a datapath classification method for FPGA-based accelerator systems  [in Japanese]

    OGAWA Yui , OSANA Yasunori , YOSHIMI Masato , FUNAHASHI Akira , HIROI Noriko , AMANO Hideharu , SHIBATA Yuichiro , OGURI Kiyoshi

    浮動小数点を扱うアプリケーションの分野で用いられる,FPGAベースのアクセラレータシステムでは,アルゴリズムをハードウェア化する際に回路規模の削減する事が重要である.これまでより多くの規模を削減するために,演算器共有手法と,その前処理としてデータパスの分類手法を提案してきた.本稿では,分類および共有手法適用後の生成ハードウェアが,分類に用いる類似度から受ける影響について,考察を行った.分類手法には …

    IEICE technical report 111(323), 31-36, 2011-11-28

  • RC-012 Automatic Pipeline Construction Focused on Similarity of Rate Law Functions for an FPGA-based Biochemical Simulator  [in Japanese]

    YAMADA Hideki , ISHIMORI Tomoya , OOYA Tomonori , SHIBATA Yuichiro , OSANA Yasunori , YOSHIMI Masato , NISHIKAWA Yuri , AMANO Hideharu , FUNAHASHI Akira , HIROI Noriko , OGURI Kiyoshi

    FPGAを用いたシミュレーションシステムでは,回路をチップ上になるべく多く実現することによって並列効果を期待できることから,所望の回路を小規模に実現する技術が重要となる.本稿ではFPGAにおける生化学モデルのシミュレーションを対象に,シミュレーションターゲットに含まれる反応速度式の類似性に着目し,共通の演算回路群を自動的に結合し面積効率のよいパイプラインを合成する手法を提案する.また,この結合によ …

    情報科学技術フォーラム講演論文集 8(1), 197-204, 2009-08-20

    IPSJ 

  • Design and Evaluation of an FPGA-based Stochastic Biochemical Simulator for High-throughput Execution  [in Japanese]

    吉見 真聡 , 西川 由理 , 長名 保範 [他] , 舟橋 啓 , 広井 賀子 , 柴田 裕一郎 , 山田 英樹 , 北野 宏明 , 天野 英晴

    確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズム(SSA)は,生化学モデルの確率的挙動を厳密に計算できる手法として知られている.しかしその一方で,SSAを用いてモデルを評価するためには,膨大な回数の演算が繰り返されるので,高スループットな実行環境が求められている.本論文では,FPGAを用いて計算効率の良いSSAであるNext Reaction Method(NRM)を高スループットに実行するハードウェ …

    情報処理学会論文誌コンピューティングシステム(ACS) 1(3), 120-135, 2008-12-22

    IPSJ 

  • Hardware-resource Utilization Analysis on an FPGA-Based Biochemical Simulator ReCSiP  [in Japanese]

    OSANA Yasunori , YOSHIMI Masato , IWAOKA Yow , KOJIMA Toshinori , NISHIKAWA Yuri , FUNAHASHI Akira , HIROI Noriko , SHIBATA Yuichiro , IWANAGA Naoki , KITANO Hiroaki , AMANO Hideharu

    集積回路の集積度の向上にともない、FPGAの回路容量が拡大し、近年ではFPGAを用いた浮動小数点演算による科学技術計算の高速化が注目を集めている。DSPにも浮動小数点演算の可能なものが増加しており、近い将来FPGAのような汎用のリコンフィギャラブルデバイスが浮動小数点演算器をハードマクロとして内蔵することも考えられる。本稿では、浮動小数点演算器を内蔵するようなreconfigurable devi …

    IEICE technical report. Computer systems 105(516), 59-64, 2006-01-11

  • A Performance Improvement Strategy for Numerical Integration on an FPGA-Based Biochemical Simulator ReCSiP  [in Japanese]

    NISHIKAWA Yuri , OSANA Yasunori , YOSHIMI Masato , IWAOKA Yow , KOJIMA Toshinori , FUNAHASHI Akira , HIROI Noriko , SHIBATA Yuichiro , IWANAGA Naoki , KITANO Hiroaki , AMANO Hideharu

    近年のバイオインフォマティクスにおいて、計算機上での生化学シミュレーションは、細胞内の生化学反応を解析する非常に有効な方法である。しかしシミュレーション対象となる系の大規模化が進むにつれ、高スループットのシミュレータの開発が急務となる。ReCSiPは、FPGAを用いて高速なシミュレーションを実現するシステムとして開発されており、本研究ではその反応速度式を解くモジュールと数値積分を行うモジュールを並 …

    IEICE technical report. Computer systems 105(516), 53-58, 2006-01-11

  • A Performance Improvement Strategy for Numerical Integration on an FPGA-Based Biochemical Simulator ReCSiP  [in Japanese]

    NISHIKAWA Yuri , OSANA Yasunori , YOSHIMI Masato , IWAOKA Yow , KOJIMA Toshinori , FUNAHASHI Akira , HIROI Noriko , SHIBATA Yuichiro , IWANAGA Naoki , KITANO Hiroaki , AMANO Hideharu

    近年のバイオインフォマティクスにおいて、計算機上での生化学シミュレーションは、細胞内の生化学反応を解析する非常に有効な方法である。しかしシミュレーション対象となる系の大規模化が進むにつれ、高スループットのシミュレータの開発が急務となる。ReCSiPは、FPGAを用いて高速なシミュレーションを実現するシステムとして開発されており、本研究ではその反応速度式を解くモジュールと数値積分を行うモジュールを並 …

    Technical report of IEICE. VLD 105(514), 53-58, 2006-01-11

  • Implementation and Evaluation of Numerical Integrators on ReCSiP  [in Japanese]

    OSANA Yasunori , YOSHIMI Masato , IWAOKA Yow , FUNAHASHI Akira , HIROI Noriko , SHIBATA Yuichiro , IWANAGA Naoki , KITANO Hiroaki , AMANO Hideharu

    IEICE technical report 105(42), 49-54, 2005-05-12

  • Scheduling of Rate Law Functions for an FPGA-based Biochemical Simulator  [in Japanese]

    IWANAGA Naoki , SHIBATA Yuichiro , YOSHIMI Masato , OSANA Yasunori , IWAOKA Yow , FUKUSHIMA Tomonori , AMANO Hideharu , FUNAHASHI Akira , HIROI Noriko , KITANO Hiroaki , OGURI Kiyoshi

    IEICE technical report 105(42), 43-48, 2005-05-12

  • ソフトウェアの統合と標準化の基盤,SBMLとSBW (特集 システムバイオロジーのフロンティア)  [in Japanese]

    舟橋 啓

    Protein,nucleic acid and enzyme 48(7), 810-816, 2003-06

  • MMLRU selection function:適応型ルーティングにおけるoutput selection function  [in Japanese]

    鯉渕 道紘 , 上樂 明也 , 舟橋 啓 [他]

    電子情報通信学会技術研究報告 101(3), 97-104, 2001-04-13

  • L-turn routing Irregular Networkにおける Adaptive Routing  [in Japanese]

    上樂 明也 , 鯉渕 道紘 , 舟橋 啓 [他]

    電子情報通信学会技術研究報告 101(3), 89-96, 2001-04-13

  • PCクラスタにおける適応型ルーティング  [in Japanese]

    井川 郁哉 , 舟橋 啓

    電子情報通信学会技術研究報告 101(3), 1-8, 2001-04-13

  • MMLRU selection function : An Output Selecion Function on Adaptive Routing  [in Japanese]

    Koibuchi Michihiro , jouraku Akiya , Funahashi Akira , Amano Hideharu

    相互結合網におけるルーティングは経路が固定されているdeterministic (oblivious) routingに替って動的に経路を選択できるadaptive routingが利用されるようになってきている.adaptive routingでは出力リンク,および出力バーチャルチャネルの選択アルゴリズムであるoutput selection functionが性能に影響を与える.しかし,従来の …

    Technical report of IEICE. FTS 101(3), 97-104, 2001-04-06

  • L-turn routing : An Adaptive Routing in Irregular Network  [in Japanese]

    Jouraku Akiya , Koibuchi Michihiro , Funahashi Akira , Amano Hideharu

    近年,PC/WSの性能向上によりNetwork of workstations(NOWs)などの高速なネットワークで接続されたPCやWSで並列処理を行う研究が盛んに行なわれている.通常これらのネットワークにはwiring flexibility, scalabilityの要求からトポロジフリーであるirregular networkが用いられるが,既存のirregular networkのルーティ …

    Technical report of IEICE. FTS 101(3), 89-96, 2001-04-06

  • Adaptive routing on irregular networks  [in Japanese]

    Igawa Yuki , Funahashi Akira

    近年,著しく性能が向上した商用のPC/WSを複数台接続したイレギュラーネットワークにおいて並列計算を行うことにより,全体として高い計算能力を提供するPCクラスタの研究が盛んに行われている.しかし,イレギュラーネットワークにおける既存のルーティングアルゴリズムは,デッドロックフリーを実現するため利用可能なパスやバーチャルチャネルの使用を制限しており,結果としてパフォーマンスの低下を招いている. 本論 …

    Technical report of IEICE. FTS 101(3), 1-8, 2001-04-06

  • An Evaluation of Adaptive Routing Using Instruction-level Simulation  [in Japanese]

    Jouraku Akiya , Funahashi Akira , Koibuchi Michihiro , Wakabayashi Masaki , Amano Hideharu

    相互結合網におけるルーティングアルゴリズムであるadaptive routingは, 相互結合網の性能向上に大変有効な手段であると考えられており, 近年, 様々なadaptive routingの提案および評価が行なわれている.既存の評価によりadaptive routingの有効性は確認されたが, その評価方式は実際のアプリケーションの通信パターンを反映しない確率モデルシミュレーションによるもの …

    IPSJ SIG Notes 2000(23), 47-52, 2000-03-02

  • Fault tolerance of the MIN with multiple outlets  [in Japanese]

    Funahashi A. , Hanawa T. , Amano H.

    多重出力可能なMINは、同一宛先に対して複数のパケットの通過を可能にすることにより、ノンブロキングネットワークに比べ高いスループットを実現する多段結合網である。本論文では多重出力可能なMINである、TBSF.PBSFの耐故障メカニズムについて提案した。このメカニズムを用いることにより、スイッチングエレメントにおける複数の故障に対してon-the-flyで故障回避が可能である。スイッチングエレメント …

    Technical report of IEICE. FTS 95(212), 63-70, 1995-08-23

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