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検索結果 46 件

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  • フラグメント分子軌道計算プログラムABINIT-MPの高速化

    望月, 祐志, 中野, 達也, 坂倉, 耕太, 渡邊, 啓正, 佐藤, 伸哉, 奥脇, 弘次, 土居, 英男, 大島, 聡史, 片桐, 孝洋 第85回全国大会講演論文集 2023 (1), 15-16, 2023-02-16

    ...ABINIT-MPは、並列処理によってタンパク質などの巨大分子系を非経験的に扱えるフラグメント分子軌道(FMO)計算のためのプログラムです。プラットフォームとしては、インハウスのクラスター計算機から「富岳」のようなスパコンまで対応しています。今回の発表では、ここ数年で進めてきたSIMD化やループ分割などの高速化の改良を中心にABINIT-MPの現状について報告させていただきます。...

    情報処理学会

  • A64FXを用いたフラグメント分子軌道計算プログラムの性能評価

    満田, 晴紀, 片桐, 孝洋, 坂倉, 耕太, 中野, 達也, 望月, 祐志, 大島, 聡史, 永井, 亨 第84回全国大会講演論文集 2022 (1), 63-64, 2022-02-17

    ...フラグメント分子軌道計算（FMO）を行うソフトウェアABINIT-MPについて、名古屋大学情報基盤センターが提供するスーパーコンピュータ「不老」TypeⅠサブシステム（CPU:ARMA64FX）を用いて性能評価した結果を示す。...

    情報処理学会

  • カルサイト・ハイドロキシアパタイト結晶表面とペプチドのFMO相互作用解析

    畑田 崚, 加藤 幸一郎, 奥脇 弘次, 福澤 薫, 望月 祐志 Journal of Computer Chemistry, Japan 19 (1), 1-7, 2020

    ...．さらに，PIEDA解析の結果や結晶-残基間の距離，残基の構造的特徴を特徴量として残基-結晶間の相互作用エネルギーの重回帰分析を行った．これらの結果を両複合系で比較したところ，カルサイト系では残基と近距離のフラグメントとの相互作用が，ハイドロキシアパタイト系では残基-結晶表面間の距離が，残基-結晶間相互作用において最も寄与が大きい特徴量であることが分かった．...

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  • クラウド型CAPTCHAサービスにおける機械学習を用いたボットの検知

    荒井, 毅, 岡部, 寿男, 松本, 悦宜, 川村, 剛司 コンピュータセキュリティシンポジウム2019論文集 2019 186-193, 2019-10-14

    ...を付け，教師あり機械学習での判別を試みた．判別のモデルには XGBoost を用い，特徴量として DNS 逆引き情報や地理情報，UserAgent および CAPTCHA 回答時間などを用いた．また，結果における False Positive データについて解析し，ボット判別フラグの付与されていないデータにおけるボット利用アクセスの検知を行った．...

    情報処理学会

  • Named Data NetworkingにおけるInterestのフラグを用いたContent Poisoning Attack攻撃検知の検討

    小林, 諒二郎, 篠原, 涼希, 重野, 寛 マルチメディア，分散協調とモバイルシンポジウム2018論文集 2018 1652-1657, 2018-06-27

    ...ではコンテンツを要求するパケットが攻撃サーバに転送される可能性があるため不正なコンテンツの拡散防止には不十分である.本論文では，ネットワーク上から不正なコンテンツを除外し攻撃サーバへの経路情報を変更する CPA対策手法であるCRCIを提案する.提案手法の目的はCPAの検知・対策であり，これを実現するために各ルータはコンテンツの信頼度を算出し，信頼度に応じてキャッシュとルーティング制御を行う.また，コンピュータシミュレーション...

    情報処理学会

  • X線小角散乱と散逸粒子動力学法を用いた脂質膜およびベシクル形成メカニズムの解明

    新庄 永治, 奥脇 弘次, 土居 英男, 望月 祐志, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生 Journal of Computer Chemistry, Japan 17 (4), 172-179, 2018

    ...ドラッグ・デリバリー・システムにおけるナノ微粒子設計の効率化のために，分子シミュレーションによる物性予測や原子分解能のメカニズム解明が望まれている．本研究では，散逸粒子動力学 (DPD) 法とX線小角散乱を用いて，脂質二重膜および混合脂質のベシクル形成の分子メカニズムを明らかにすることを目的として検討を行った．DPDシミュレーションに用いる相互作用パラメータは，フラグメント...

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  • 量子論に基づくタンパク質－化学物質相互作用解析～FMO創薬の実現に向けて～

    福澤 薫 日本薬理学雑誌 149 (5), 240-246, 2017

    ...繋がることが期待されている．現在はFMO創薬の実現に向けて，産学官連携のFMO創薬コンソーシアムを母体として，スーパーコンピュータ「京」を活用した大規模な手法の検証と開発を行っており，2016年末までに700を超えるタンパク質－リガンド複合体構造のFMO計算を実施済みである．本稿ではFMO法の概要と応用例，最近のコンソーシアムの活動について概説する．...

    DOI Web Site Web Site ほか2件 参考文献12件

  • ペプトイド類のフラグメント分子軌道計算

    川田 修太郎, 坂口 正貴, 米倉 伊吹, 奥脇 弘次, 望月 祐志, 福澤 薫 Journal of Computer Chemistry, Japan 15 (3), 51-52, 2016

    <p>Peptoids are a class of peptide mimetics whose side chains contain nitrogen atoms rather than α-carbon atoms. This structural feature restricts the intrinsic capacity to form hydrogen bond …

    DOI Web Site 被引用文献2件 参考文献6件

  • 縮約グラフを利用した化学グラフ生成に関する研究

    宮尾 知幸, 金子 弘昌, 船津 公人 ケモインフォマティクス討論会予稿集 2016 (0), O7-, 2016

    ...ビルディングブロックを組み合わせることで仮想的な化学構造を生成する試みは、コンピュータプログラムを利用することで頻繁に行われている。このような単純な試みであっても、組み合わせにより生成された構造群には重複構造が含まれることが多く、構造生成の非効率化につながる。...

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  • 頻出ビット列の圧縮によるキャッシュメモリのデータ利用効率の向上

    落合, 裕也, 小林, 良太郎, 嶋田, 創 第77回全国大会講演論文集 2015 (1), 79-80, 2015-03-17

    ...データアレイには圧縮データとそれを示すフラグを保持させ、1ワード当たりのサイズを小さくする。この手法によりキャッシュメモリの回路が圧縮された事で1アクセスあたりの消費エネルギーが削減され、キャッシュメモリ全体の消費電力削減が可能となる。...

    情報処理学会

  • 相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析

    塚本 貴志, 加藤 幸一郎, 加藤 昭史, 中野 達也, 望月 祐志, 福澤 薫 Journal of Computer Chemistry, Japan 14 (1), 1-9, 2015

    ...フラグメント分子軌道(Fragment Molecular Orbital; FMO)法はタンパク質などの巨大分子の電子状態計算を可能にする方法であり，FMO計算によって得られるフラグメント間相互作用エネルギー(Inter Fragment Interaction Energy; IFIE)がタンパク質-リガンド間相互作用などを理解する上で有用であるため...

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  • 複数結合ポーズ系の標準自由エネルギー計算

    谷田 義明, 松浦 東 Journal of Computer Chemistry, Japan 14 (3), 80-82, 2015

    We have applied alchemical free energy calculation of theophylline with an RNA aptamer with one or more ligand docking poses. We find that the predicted binding affinity strongly depends on the …

    DOI Web Site 参考文献3件

  • 構造生物学による創薬への挑戦

    古谷 利夫 ファルマシア 50 (5), 383-383, 2014

    ...<br>標的タンパク質の立体構造に基づく創薬をラショナルドラッグデザインと呼び，X線構造解析法とNMR法という実験的な手法に，コンピュータを使ったシミュレーションを加えたSBDDが登場した．私は所属していた山之内製薬（現アステラス製薬）の研究所が1989年につくばに移転した際に，大変な苦労の末にX線回折装置と600MHzNMRに加えて，コンピュータグラフィックスを揃えた分子設計研究室の設立を推進した...

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  • 京コンピュータでの効率的な動作を目指した並列FMOプログラムOpenFMOの高性能化

    稲富 雄一, 眞木 淳, 本田 宏明, 高見 利也, 小林 泰三, 青柳 睦, 南 一生 Journal of Computer Chemistry, Japan 12 (2), 145-155, 2013

    ...京コンピュータをはじめとしたクラスタ型超並列計算機で効率的に超並列FMO計算することを目指して，並列FMOプログラムOpenFMOの高性能化に取り組んでおり，一環としてモノマーやダイマーの小規模電子状態計算部分の最適化を行った．MPI/OpenMP hybrid並列化や，新たに実装したグローバルカウンタを用いた動的負荷分散の適用などにより，フラグメントの電子状態計算で負荷の大きな分子積分計算部分...

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  • 化学構造の高速データマイニングのための特徴ベクトルTFSの圧縮法

    志賀 元紀, 高橋 由雅 Journal of Computer Chemistry, Japan 11 (2), 104-111, 2012

    ...医薬品の候補となる化合物空間は極めて膨大であり，また，化合物関連データベースが大規模化しているため，少ない計算コストのデータ解析手法が望まれる．本研究では，高橋らの開発した特徴ベクトルであるトポロジカルフラグメントスペクトル(Topological Fragment Spectra, TFS)を圧縮するによって，計算コストを抑えるアプローチを検討した．まず，TFS...

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  • 情報エントロピーによるタンパク質のリガンド結合部位予測

    佐々木孝章, 関嶋政和 第73回全国大会講演論文集 2011 (1), 705-706, 2011-03-02

    ...タンパク質とリガンドの結合部位を予測することは，タンパク質の構造情報を基にした創薬にとって重要である．特に，フラグメント・ベース創薬のように活性は低いが単位原子当たりの有効性が高い化合物に対して化合物の伸張や結合等の最適化を行っていく場合，タンパク質内の活性部位の空洞にどのように化合物を最適化していくかという高い精度の結合部位予測が求められる．本研究では，水分子が自由度を得るとエントロピー的に有利に...

    情報処理学会

  • タンパク質-リガンド間の結合性解析の自動パイプライン化

    尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山泰 第73回全国大会講演論文集 2011 (1), 707-708, 2011-03-02

    ...非経験的フラグメント分子軌道(FMO)法は、創薬の過程において蛋白質と薬剤の相互作用エネルギー(IFIE)を計算するために利用されるが、データの前処理に手作業が含まれるため大規模な網羅解析が困難である。本研究ではFMO法の並列大規模解析を可能とするため、自動パイプラインの開発を行う。実際の研究課題を通じて、現状の問題点の分析と仕様策定を行った。...

    情報処理学会

  • サポートベクターマシンによる　高血圧治療薬のバーチャルスクリーニング

    河合 健太郎, 高橋 由雅 Journal of Computer Chemistry, Japan 9 (4), 167-176, 2010

    ...本研究では高血圧治療薬を例に, 化学構造のトポロジカルフラグメントスペクトル (TFS) を入力シグナルとしたサポートベクターマシン (TFS/SVM) による薬物活性クラス分類のバーチャルスクリーニングへの適応可能性を評価した. ここでは, 実用的見地からの評価をねらいとし, リリース年が異なる二つのMDDRデータベース (2001年版および2003年版) を用いた....

    DOI Web Site Web Site 被引用文献1件 参考文献36件

  • ＧＡＭＥＳＳ版フラグメントＭＯ法計算のためのＧＵＩの開発

    末永 正彦 Journal of Computer Chemistry, Japan 7 (1), 33-54, 2008

    ...フリーの分子軌道計算プログラムであるGAMESSに実装されているFMO (フラグメントMO法) 計算のためのGUIを開発した．新しいGUIは，これまで著者が開発を続けてきた計算化学プリ・ポストプロセッサーFacioに組み込まれている．分子モデルを見ながら行なう対話的な操作により，タンパク質や核酸に対するフラグメントの作成や各フラグメントの電荷の決定や名前付けなどが自動的に行なわれ，FMO計算のための...

    DOI Web Site Web Site 被引用文献19件 参考文献16件

  • 仮想彫刻に基づくリアルタイム法線マップ生成システム

    脇田, 航, 井門, 俊 情報処理学会論文誌 48 (12), 3670-3679, 2007-12-15

    ...近年，少ないポリゴン数で，メモリや処理時間を節約しつつ，擬似的に精細な3D オブジェクトを表現可能な法線マッピングが注目されている．法線マッピングを行うには，法線ベクトル(XYZ) が色(RGB) として格納された法線マップをもとに，フラグメント単位でレンダリングを行う必要がある．しかし，法線マップを人間が直接描くことは困難である．そこで我々は，仮想彫刻に基づくリアルタイム法線マップ生成システムの提案...

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  • フラグメント分子軌道法に基づいた生体巨大分子の電子状態計算の現状と今後の展望

    中野 達也, 望月 祐志, 甘利 真司, 小林 将人, 福澤 薫, 田中 成典 Journal of Computer Chemistry, Japan 6 (3), 173-184, 2007

    ...1999年に北浦らにより提唱されたフラグメント分子軌道(FMO)法は、分子系をフラグメントに分割し、フラグメントのモノマー、ダイマー・・・の計算から系全体を計算する方法であり、タンパク質やDNAのような巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として、近年注目を集めている。...

    DOI Web Site Web Site 被引用文献1件 参考文献91件

  • エストロゲン受容体のアミノ酸変異によるエストラジオール結合エネルギーの変化

    前田 紘輔, SCHUG Alexander, 渡邉 博文, 福澤 薫, 望月 祐志, 中野 達也, 田中 成典 Journal of Computer Chemistry, Japan 6 (1), 33-46, 2007

    ...エストロゲン受容体とエストラジオールとの結合に関する分子メカニズムを解明することを目的とし、エストロゲン受容体にコンピュータ上でアミノ酸変異を導入して、エストラジオールとの結合能をフラグメント分子軌道法を用いて評価した。アミノ酸変異の導入方法の妥当性を検討するために、実験で用いられたのと同じアミノ酸変異を導入して、結合エネルギーを評価し、実験データと比較した。...

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  • 大規模分子の分子軌道計算　‐　ＬｙｓｏｚｙｍｅとモデルＤＮＡ分子の分子軌道　‐

    渡邊 寿雄, 稲富 雄一, 石元 孝佳, 梅田 宏明, 櫻井 鉄也, 長嶋 雲兵 Journal of Computer Chemistry, Japan 6 (3), 217-226, 2007

    ...フラグメント分子軌道（FMO）法に基づいた大規模系の分子軌道（FMO-MO）計算についての概要と、Lysozyme分子およびモデルDNA分子への適用結果を示す。FMO-MO法は、FMO計算によって得られた密度行列を基にFock行列を生成し、それを一度だけ対角化することによって近似的な分子軌道を得る方法である。...

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  • フラグメント分子軌道法による生体高分子の応用計算

    福澤 薫, 中野 達也, 加藤 昭史, 望月 祐志, 田中 成典 Journal of Computer Chemistry, Japan 6 (3), 185-198, 2007

    ...フラグメント分子軌道(FMO)法プログラムABINIT-MPを用いた生体高分子の応用計算の現状をGUIシステムBioSation Viewerの機能とともに紹介する。具体例として、核内受容体とリガンドの相互作用、DNAと転写因子タンパク質との結合などについて、主に転写に関わる分子認識機構を詳細に解析した。...

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  • GPUによる細分割曲面の高品質表示法

    金井, 崇, 安井, 悠介 情報処理学会論文誌 47 (2), 647-655, 2006-02-15

    ...本論文では，GPU による細分割曲面の高品質な表示方法について提案する．細分割曲面はベジエ曲面やB スプライン曲面等のパラメトリック曲面と同様，2 変数のパラメータから曲面上の任意の点の位置や法線ベクトルを計算できる．このことを利用し，フラグメント単位でそれらの正確な値を計算する．また応用として，CAD/CAM の分野で用いられている反射線を計算する手法についても述べる．我々の提案する表示のための計算...

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  • HIV-1プロテアーゼと阻害剤の複合体形成に関するフラグメント分子軌道計算

    直島 好伸, 藤原 知広, 森 義裕, 小野 一也 ケモインフォマティクス討論会予稿集 2006 (0), JP20-JP20, 2006

    ...我々は、有機合成や生命化学関連の研究に加え、酵素タンパクなどの生体分子に対するコンピュータシミュレーションの研究を行っている。今回、その一環として、エイズの原因であるレトロウイルス(HIV)に含まれるプロテアーゼとその阻害剤（indinavirやsaquinavir）の複合体についてフラグメント分子軌道法による量子化学計算を行った。...

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  • グラフィックスハードウェアを用いた空の色と大気散乱の高速レンダリング

    師 芳卓, 宮崎 玲, 土橋 宜典, 西田 友是 画像電子学会年次大会予稿集 33vc (0), 17-22, 2005

    ...自然景観をリアルタイムにするレンダリングする手法には、フライトシミュレータやコンピュータゲームなどのさまざまな応用がある。大気中の微小粒子による散乱効果はリアルな風景画像を生成する上で欠かせない要素の1つである。光跡はくも屋山のような太陽光を遮る物体によって生じる。この論文では、空の色や光跡を含む風景画像を生成する手法を提案する。...

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  • 化学構造データマイニングのためのTFSピーク同定システムの開発

    藤島 悟志, 高橋 由雅 Journal of Computer Chemistry, Japan 3 (2), 49-58, 2004

    ...フラグメントの同定・表示を可能とした．また，化学構造データマイニングへの応用をねらいとし，複数の構造データを対象としたTFSの合成スペクトルの生成機能も合わせて実装し，その任意のピークに対応する構造フラグメントの同定も可能とした．システム実行例とともに主な機能とピーク同定のアルゴリズムの詳細を述べる．...

    DOI Web Site Web Site 被引用文献1件 参考文献12件

  • 化学物質の構造類似性にもとづくデータマイニング

    高橋 由雅, 藤島 悟志, 加藤 博明 Journal of Computer Chemistry, Japan 2 (4), 119-126, 2003

    ...本研究では筆者らが先に提案したトポロジカルフラグメントスペクトル（Topological Fragment Spectra, TFS）による新たな構造情報の記述手法をもとに，特定の部分構造の有無のみならず化学構造全体の漠然とした類似性をも考慮したよりやわらかな構造情報の取り扱いとその化学データマイニングへの応用について検討した．構造類似性評価におけるTFS法の有用性と薬物構造データベースを対象とした...

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  • 動きベクトル参照型動画像電子透かし方式

    上野, 義人, 村上, 健自 情報処理学会論文誌 43 (8), 2511-2518, 2002-08-15

    ...近年，デジタルメディアの認証や著作権保護を解決する方法として，電子透かし技術が注目されている．特に，デジタルビデオに対する電子透かしの研究開発が活発に行われている．本論文は，動画像における P-フレームの動きベクトルを利用して，この動きベクトルを検出した参照元の I-フレームの画素に透かし情報のフラグビットを埋め込む電子透かし方式を提案する．本方式は，動画像圧縮方式であるMPEGフォーマットに適用できる...

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  • 並列コンピュータCenju - 3のプロセッサ間通信方式とその評価

    広瀬, 哲也, 細見, 岳生, 丸山, 勉, 加納健 情報処理学会論文誌 37 (7), 1378-1387, 1996-07-15

    ...Cenju-3では プロセッサ間通信におけるソフトウェア処理の軽減のため専用のネットワークインタフェースハードウェアを開発し プロセッサ間通信の高速化を図った.この専用インタフェースは キューイングされたデータをプロセッサとは独立に送出する機能 データを分割しパケットを自動生成する機能を持つ.また パケットヘッダに割り込み制御フラグを設けることで受信側での割り込み処理のオーバヘッドを軽減した.この結果...

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