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検索結果 44 件

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  • 機能性RNAの世界

    岡田 浩美, 林崎 良英 臨床神経学 53 (11), 957-961, 2013

    林崎らは大規模な包括的トランスクリプトーム解析に向けて,完全長cDNAライブラリーの構築ならびに,それらをハイスループットシーケンシング解析に応用する新たな技術を開発してきた.彼らが組織するFANTOMデータベースの解析により,ゲノムDNAの約2%だけが機能を持つという常識に反し,ゲノムDNAの70%以上が転写され,大多数のRNAが非タンパクコードRNA(non-codingRNA; …

    DOI PubMed 医中誌 被引用文献1件 参考文献10件

  • 個別化医療の実現に向けて : 薬物副作用を回避する世界最速SNP検出法の開発と臨床応用

    石川 智久, Aw Wanping, Lezhava Alexander, 林崎 良英 アレルギー 59 (2), 98-108, 2010

    ヒトゲノム解析が完了し,それに伴い個々の遺伝子多型に基づくテーラーメイド医療(個別化医療)の実現が期待されている.特に,薬物の標的,薬物代謝酵素,薬物トランスポーター等の遺伝子多型を調べて薬の副作用や体内動態,薬物の効果および副作用の可能性を予測することは,個別化医療の実現において必須である.理化学研究所で開発されたSmart amplification …

    DOI Web Site 医中誌 参考文献30件

  • イネ完全長cDNAデータを用いた動植物の膜輸送システムの比較生物学的解析

    永田 俊文, 飯泉 茂美, 佐藤 浩二, 土井 考爾, 鈴木 宏史, 大友 泰裕, 村上 和雄, 松原 謙一, 河合 純, Piero Carninci, 林崎 良英, 菊池 尚志 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集 2006 (0), 043-043, 2006

    イネ完全長cDNA配列データ(32,127)について、BLAST等を用いて、動植物の既存の膜輸送遺伝子との相同遺伝子を検索し構造比較することにより、各生物における膜輸送の調節機構の特異性について考察した。<br>高等植物の膜輸送タンパクの種類数は、ヒト、ハエ、線虫とほぼ同数であり、酵母、カビ、細菌の2倍以上であり、動物ではチャンネルが植物ではポンプとトランスポーターが組織及び発生ステージ特異的に…

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  • イネ完全長cDNAクローン由来のESTを用いたイネゲノム発現遺伝子のマッピングと予想遺伝子の比較

    菊池 尚志, 佐藤 浩二, 矢崎 潤史, 土井 考爾, 鈴木 宏史, 李 朝傑, 山本 誠, 大友 泰裕, 村上 和雄, 松原 謙一, 河合 純, カルニンチ ピエロ, 林崎 良英 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集 2005 (0), 449-449, 2005

    イネ完全長cDNAプロジェクトにおいて収集された583,053の端読み配列 (382,787 phase IIクローン由来)のマッピングを試みた結果、29,642転写単位に相当することが明らかとなった。<br>TIGR(The Institute of Genome Research)が公開しているイネ予想遺伝子(59,712)によって定義される57,535のゲノム上の領域と完全長cDNAクロー…

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  • 急発展をとげるトランスクリプトーム解析と医学応用

    林崎 良英 日本プロテオーム学会大会要旨集 2005 (0), 71-71, 2005

    近年の大規模なゲノム解析の進展により、遺伝情報についての膨大な知見が蓄積されてきた。しかし、コンピュータによる予測をもちいても、ゲノムからプロテオームを一義的に決定することは困難であるため、その間を埋めるトランスクリプトームの解析が注目されてきた。我々はマウスの一生の間に各組織でゲノムから転写されるmRNAを完全長cDNAの形で網羅的に収集し、それらの発現情報、タンパク質!)タンパク質相互作用な…

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  • 22Kライスオリゴマイクロアレイ法を用いた2種類の浸水処理により誘導されたイネ遺伝子の発現解析

    山田 仁美, 大岡 久子, 佐藤 浩二, 田崎 公久, Lee Jung-Sook, 河合 純, Piero Carninci, 林崎 良英, 大友 康裕, 村上 和雄, 松原 謙一, 菊池 尚志 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集 2004 (0), 474-474, 2004

    22Kライスオリゴマイクロアレイを用いて、イネの網羅的な遺伝子発現解析を行うため、イネのライフサイクルとイネ実生に様々なストレス処理を行った。24時間のストレス処理過程において、同じ浸水処理でも縦型浸水処理(FS)と横型浸水処理(FD)では異なる表現型を示したため、この2種類の浸水処理により誘導された遺伝子の発現解析を行った。2種の浸水ストレスにより22Kマイクロアレイ上の1,166個の遺伝子が…

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  • シロイヌナズナ完全長cDNAエンサイクロペディアの作製と遺伝子の機能・発現解析への利用

    関 原明, 石田 順子, 佐藤 将一, 櫻井 哲也, 中嶋 舞子, 槐 亜希子, 神谷 麻子, 秋山 顕治, 飯田 慶, 鳴坂 真理, 大野 陽子, 藤田 美紀, 水門 佐保, 楠城 時彦, 梅澤 泰史, 亀井 綾子, 藤 泰子, 篠崎 和子, Ecker Joseph R., Davis Ronald W., Theologis Athanasios, Carninci Piero, 河合 純, 林崎 良英, 澤崎 達也, 金 鍾明, 長谷川 嘉則, 遠藤 弥重太, 横山 茂之, 篠崎 一雄 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集 2003 (0), 86-86, 2003

    我々は6年前より、ポストシーケンシング時代において、遺伝子の機能解析において完全長cDNAが重要になると考え、シロイヌナズナ完全長cDNAの単離を進めてきた。これまでに、種々のストレス・ホルモン処理した植物体や種々の発生段階の植物体などを出発材料する19種類のシロイヌナズナ完全長cDNAライブラリーを作製し、約15万個のcDNAクローンを単離した。それらをクラスタリングすると約15,000個の独…

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  • 完全長cDNAデータを用いたイネのカルシウムシグナル伝達遺伝子群の比較生物学的解析

    永田 俊文, 佐藤 浩二, 大岡 久子, 河合 純, Carninchi Piero, 林崎 良英, 大友 泰裕, 村上 和夫, 松原 謙一, 菊池 尚志 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集 2003 (0), 66-66, 2003

    植物(イネ)のカルシウムシグナル伝達系の特徴を解明する目的で、イネ完全長cDNA配列データ(約2万8千)について、BLAST searchを用いて、動植物の既存の遺伝子との相同遺伝子を検索し、類似した遺伝子制御系による生命現象の調節機構の有無を調べた。<br>第1にカルシウムイオン流入調節系の膜タンパクを比較したところ,動植物間ではカルシウムシグナルの細胞間での電気的伝達系(膜電位依存性チャネル…

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  • イネ完全長cDNAデータから得られたオルタナティブ遺伝子の網羅的解析

    山田 仁美, 川頭 信之, 永田 俊文, 佐藤 浩二, 河合 純, Carninci Piero, 林崎 良英, 大友 泰裕, 村上 和雄, 松原 謙一, 菊池 尚志 日本植物生理学会年会およびシンポジウム 講演要旨集 2003 (0), 422-422, 2003

    イネ完全長cDNA プロジェクトにより28,469個の完全長cDNAクローンが収集され、塩基配列の決定および機能解析が行なわれている。Blatプログラムを用いた<i>japonica</i> BAC/PAC クローンへのマッピングの結果、94%カバーのゲノムデータに対して約19000のTU (Transcription …

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  • 遺伝情報探索のためのゲノム計測法

    林崎 良英 応用物理 70 (8), 984-988, 2001

    生命現象の包括的な理解のための完全長cDNAのライブラリー構築と、その大量の塩基配列情報を高速に引き出すゲノム解析技術の開発について解説する.さらに,この技術開発のために不可欠だった分野を超えた学際的開発思想の重要性について述べる.

    DOI Web Site 参考文献10件

  • ゲノムスキャニング2次元電気泳動像解析のためのスポット検出とパターン照合

    渡辺, 弥寿夫, 中沢, 政幸, 高橋, 友康, 堀岡, 雅清, 林崎, 良英 全国大会講演論文集 第51回 (メディア情報処理), 181-182, 1995-09-20

    ゲノム解析は、現在世界的な規模で精力的に進められており、中でも、ゲノムマッピングの高速化技術の開発は、重要なテーマの一つである。現在すでに実用に供しているゲノムDNA解析システムがあるが、その電気泳動像の画像解析は、サザン法やPCR(Poly-merase Chain Reaction)法などに基づくものであり、原理的に1次元の信号処理を行っているので、サイズの大きいゲノムに対して解析の高速化は…

    情報処理学会

  • ゲノムスキャニング2次元電気泳動パターンの画像解析

    渡辺, 弥寿夫, 中沢, 政幸, 堀岡, 雅清, 林崎, 良英 全国大会講演論文集 第49回 (人工知能及び認知科学), 171-172, 1994-09-20

    ゲノム解析の研究は、現在世界的な規模で精力的に進められており、中でも、ゲノムマッピングの高速化技術の開発は、重要なテーマの一つである。ゲノムDNAの全塩基配列の決定には、ゲノム上のいかなる座位(landmark)をどのような信号として検出して、いかに多くの座位を検出し高速に解析するかという点が鍵になる。多数の座位について一度にスキャニングできれば、複数のゲノムDNAに適用して、欠失・増幅・転座な…

    情報処理学会

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