Pythonではじめるバイオインフォマティクス : 可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために
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書誌事項
Pythonではじめるバイオインフォマティクス : 可読性・拡張性・再現性のあるコードを書くために
オライリー・ジャパン, 2023.6 , オーム社(発売)
- タイトル読み
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Python デ ハジメル バイオインフォマティクス : カドクセイ カクチョウセイ サイゲンセイ ノ アル コード オ カク タメ ニ
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注記
原タイトル:Mastering Python for bioinformatics
文献:p409
内容説明・目次
内容説明
本書はPythonを使ったバイオインフォマティクス研究のプログラミングスキルを学ぶことができる解説書です。Pythonが再現性のある科学的なプログラムを書くのに適していることに焦点を当て、バイオインフォマティクス分野におけるプログラムの文書化やテスト、再現可能なソフトウェアの開発方法を解説します。2部構成に分かれ第1部ではバイオインフォマティクスとプログラミングを学習するためのプラットフォーム「Rosalind」を使って14の課題に取り組みながら実践的に学習します。第2部ではそのほかの重要パターンや概念を取り上げ、より複雑なプログラムについて説明します。ソフトウェアの開発、テスト、文書化、リリース、そしてサポートといった重要な方法を学び、Pythonを使ってバイオインフォマティクス研究を発展させるテクニックを学べる1冊です。
目次
- 第1部 Rosalind.infoチャレンジ(テトラヌクレオチド頻度:モノを数える;DNAからmRNAへの転写:文字列の改変、ファイルの読みだし、書き込み;DNAの逆相補鎖配列への変換:文字列の操作;フィボナッチ数列の作成:アルゴリズムのコーディング、テスト、およびベンチマーク;GC含量の計算:FASTA形式ファイルのパースと塩基配列の分析 ほか)
- 第2部 その他のプログラム(Seqmagickマジック:レポートの作成と整形;FASTX grep:配列を選択するユーティリティプログラムの作成;DNAシンセサイザー:マルコフ連鎖を用いた合成データの作成;FASTXサンプラー:配列ファイルからランダムにサンプリング;BLASTデータの処理:区切りテキストファイルの解析 ほか)
「BOOKデータベース」 より